作者：李向阳,金玲湘
出版社：人民卫生出版社
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感染性疾病的检验诊断(第2版)试读：
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图书在版编目（CIP）数据
感染性疾病的检验诊断/李向阳，金玲湘主编.—2版.—北京：人民卫生出版社，2015
ISBN 978-7-117-20780-5
Ⅰ.①感… Ⅱ.①李…②金… Ⅲ.①感染-疾病-医学检验②感染-疾病-诊断 Ⅳ.①R44
中国版本图书馆CIP数据核字（2015）第106044号人卫社官网 www.pmph.com 出版物查询，在线购书人卫医学网 www.ipmph.com 医学考试辅导，医学数据库服务，医学教育资源，大众健康资讯
版权所有，侵权必究！常见疾病检验诊断丛书感染性疾病的检验诊断第2版
主 编：李向阳 金玲湘
出版发行：人民卫生出版社有限公司 人民卫生电子音像出版社有限公司
地 址：北京市朝阳区潘家园南里19号
邮 编：100021
E - mail：ipmph@pmph.com
制作单位：人民卫生电子音像出版社有限公司
排 版：人民卫生电子音像出版社有限公司
制作时间：2017年4月
版 本 号：V1.0
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标准书号：ISBN 978-7-117-20780-5
策划编辑：兰南
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随着医学科学的进步和生物技术的发展，检验医学和临床实验室技术也发生了日新月异的变化。一方面，新的检验项目推陈出新、方法性能不断提高、各种自动化仪器把多种方法学有效地整合，实现了检测自动化、信息化、集成化；另一方面，检测手段不断深入，从疾病表型到基因变异，分子诊断让更多的病因变得清晰，因人而异的个体化检验为个性化医疗奠定了基础，使临床诊疗更加有的放矢，更为合理有效。因此人们越来越意识到，在大数据时代对疾病本质和过程的正确认识，在很大程度上有赖于临床实验室提供的体外诊断信息。
临床医生越来越多地依靠实验室检测结果诊断疾病、监测疗效、判断预后以及进行健康评估和疾病的风险预测。为了更好地解读体外诊断带来的大量信息和数据，临床医生迫切希望了解更多的检验医学知识，以提高诊治疾病的能力和水平。另外，现代检验面临的三大任务是：提供更多的检验项目、报告可靠的检验数据、开展必要的临床咨询。针对这三个目标，要求检验与临床加强沟通，对实验室检测结果进行“翻译”和“加工”，把检验数据转化为临床诊断信息。为了能担负起这个任务，检验医学从业人员也必须学习更多的临床医学知识。针对上述两大需求，本丛书将为临床和检验之间架起一座信息沟通的桥梁，目的是更好地应用检验项目，正确解读检验结果。因此该丛书适合各科医生、检验人员和医学生阅读或诊疗时参考。
温州医科大学检验医学院有着近30年的办学历史，其医学检验专业是浙江省的优势与特色学科，在国内具有较高的学术地位。在累计培养了数千名优秀检验人才的同时，也涌现出了一批学术严谨、经验丰富的专家教授。由我校吕建新、陈晓东两位教授牵头，组织我校100多位检验医学和临床医学同仁，编写的这套常见疾病检验诊断丛书，第1版发行以来深受广大读者欢迎。但近八年来，检验医学和临床医学均得到了飞速发展，丛书在第1版的基础上作了摒弃和更新，使之更加全面、实用。在丛书即将再版之际，我再次欣然为之作序。推荐此丛书的同时，再次向参与这项工作的全体编审人员表示衷心的感谢，也对人民卫生出版社的全程指导表示感谢。温州医科大学校长2015年4月序 二
常见疾病检验诊断丛书自2007年初第1版面世以来，得到临床医师和检验工作者的欢迎和好评。本丛书出版至今已近八年时间，其间，无论是检验医学还是临床医学都有了许多新的进展。为了适应这些进展，帮助临床医师和检验工作者及时了解和掌握检验诊断学的最新动态，我们决定重新修订这套丛书。历经两年，已经按计划完成修订工作。
第2版的编写思路，仍沿袭第1版面向临床和检验，以疾病为主线，较全面地介绍实验室诊断方法和临床应用，按常见疾病所属系统归类，每个疾病分为“疾病概要”和“检验诊断”两个主要部分，使临床医师根据诊治需要，较为方便地查阅到合适的检验诊断项目。
常见疾病检验诊断丛书2007年共出版11个分册。根据学科发展和分工细化的实际情况，本次增加了《出生缺陷与遗传性疾病的检验诊断》、《人兽共患病的检验诊断》和《肿瘤的检验诊断》3个分册。虽然丛书为再次修订，但不当之处仍在所难免，请读者批评指正。
感谢人民卫生出版社的热情指导和大力支持，感谢温州医科大学及附属医院各级领导的关心帮助，感谢全体编写人员的辛勤劳动，感谢本丛书编写总秘书王忠永同志在再版期间的沟通联络、图文编辑等工作，感谢被引用的参考书和参考文献的作者。由于工作调动或年龄等原因，第1版编写者中有一部分同志没有参加第2版的修订，但他们在第1版中所作的贡献和影响仍在，在此再次表示感谢。吕建新 陈晓东2015年4月第2版前言《感染性疾病的检验诊断》第1版出版距今已7年。本书出版后承蒙临床医生和检验医学工作者的厚爱，成为临床医学和检验医学之间的联系沟通的工具，为各种感染性疾病的临床诊断及检验项目的应用提供了帮助。近五年来，感染性疾病的病原体、易感人群及治疗方法发生了很多的变化。细菌、病毒和真菌的耐药问题依然需要我们认真去面对。在人民卫生出版社及温州医科大学校领导的大力支持下，我们重新组织感染性疾病相关的临床和检验专家，对本书进行修订再版。在第1版的基础上，本次修订着重以临床疾病诊断思路为主线，对检验项目的临床应用进行解析，提供更多的临床信息，并增加了近年来新发的感染性疾病的进展等内容。由于本书是系列丛书中的其中一册，某些感染性疾病的内容不在本册书中，可能在其他册书中。本书在编写过程中，研究生林玲同学也帮助本书做了文字编辑和统稿等工作，在此一并致谢。由于我们的水平有限，再版的书中仍然可能存在各种错误，请各位读者不吝赐教。李向阳 金玲湘2015年4月第一章 感染性疾病的诊断与鉴别诊断
感染性疾病是因感染病原体所引发的疾病，包括传染性和非传染性感染性疾病。传染性感染性疾病是由相应的特异病原体引起，在一定条件下可造成流行的疾病。感染性疾病的诊断主要依靠详尽的病史采集、详细的体格检查获得全面而准确的临床资料，再有目的地选择一些实验和特殊检查。病原学的检查、流行病学的调查对确定传染源、传播途径，特别对新发感染性疾病的诊断具有非常重要的意义。第一节 临床资料
感染性疾病具有病程发展的阶段性和特征性的临床表现，如发热、皮疹、肝脾肿大或某些特征性体征，部分感染性疾病具有传染性和流行性。熟悉各种感染性疾病的临床表现，再通过仔细地询问病史，全面的体格检查，大多数疾病可获得初步诊断。
详尽的病史采集是诊断疾病的第一步，完整的病史包括疾病发生的时间、临床表现、疾病发生发展及治疗经过、过去史、个人史及流行病学史等。感染性疾病的发生、发展和转归具有一定的规律性，通常分为四个阶段：潜伏期、前驱期、症状明显期和恢复期。潜伏期的长短取决于病原体的种类、数量、毒力和宿主的免疫力。如细菌性食物中毒的潜伏期短至数小时，而狂犬病、艾滋病的潜伏期则长达数月到数年。由于多数感染性疾病的潜伏期比较恒定，了解每一种感染性疾病的潜伏期有助于疾病的诊断。潜伏期还是确定疾病检疫期的重要依据。前驱期的临床表现往往缺乏特异性，对疾病诊断意义不大。症状明显期感染性疾病所特有的临床表现逐渐显现，对疾病的诊断非常重要，采集病史时一定要抓住特征性病史。
发热常常是感染性疾病的共同症状，对发热患者要了解其热型、热度与热程。多数感染性疾病有其特殊的热型，在疾病的诊断和鉴别诊断上有参考价值。常见的热型有：稽留热、弛张热、消耗热、间歇热、双峰热、波状热、回归热、不规则热等。伤寒、斑疹伤寒、粟粒性结核以稽留热多见，表现为高热，体温维持在39～40℃以上，24小时内体温波动范围不超过1℃，持续数日或数周。弛张热是感染性疾病中更常见的热型，常见于败血症、重症肺结核及各种化脓性感染，表现为高热，体温常在39℃以上，波动幅度大，24小时内波动范围超过1℃，但都在正常水平以上。败血症如病情凶险时可表现为消耗热，24小时内体温波动范围在4～5℃之间，从高热降到正常体温以下。革兰阴性杆菌引起的败血症、黑热病可表现为双峰热，24小时内体温两度升高，每次体温波动在1℃左右。间歇热是指24小时内体温骤升达高峰后持续数小时，又迅速降至正常水平，无热期一般不超出2天，最典型的例子见于疟疾。波状热常见于布鲁菌病，表现为体温逐渐上升达39℃以上，数天后又逐渐下降至正常水平，持续数天后又逐渐升高，如此反复多次。回归热则表现为体温急骤上升至39℃以上，持续数天后又骤然下降至正常水平，高热重复出现，反复多次，可见于回归热。不规则热见于结核病、未经正规治疗的感染性疾病，表现为体温曲线无一定规律。按热度的高低分：低热（37.3～38℃）、中度热（38.1～39℃）、高热（39.1～40℃）、超高热（＞40℃）。不同病例、不同病情、不同并发症可有不同热度变化，因此不能根据热度考虑诊断，但不同的热度有其相对多见病种，故对诊断也有参考价值。一般低热多见于慢、轻症患者，高热多为急、重症患者，但热度高低不是衡量疾病轻重的最重要指标。根据发热的高低与热程可将发热分为长期发热和长期低热。发热持续2～3周以上，体温高于38.5℃以上称长期发热；发热持续4周以上，体温37.5～38.4℃称长期低热。绝大多数感染性疾病如病毒、立克次体、支原体感染，多在3周内自愈或治愈，特别是病毒感染，热程一般不超过1～2周。热程超过1周，对感冒的诊断即应怀疑或可能有并发症的出现。传染性单核细胞增多症热程可长至3周，个别可超过1个月。巨细胞病毒感染、猫抓病、艾滋病等热程可长时迁延。由于同一疾病热程长短不一，长程发热疾病都必须经过初期发热阶段，而短程发热疾病又可因并发症或治疗不及时而拖延热程，故热程在诊断上仅供参考。
发疹也是感染性疾病的一个特征，许多感染性疾病在发热的同时伴有发疹，称为发疹性感染。发疹包括皮疹和黏膜疹。发现皮疹时应仔细记录其出现时间、出现顺序、分布部位、皮疹类型，有无瘙痒及脱屑等，不同的发疹性感染都有其特征性，对感染性疾病的诊断有重要价值。如水痘的皮疹多见于发热的第1天，猩红热多为第2天，天花多为第3天，麻疹见于第3～5天，伤寒多为第7天。水痘的皮疹主要分布于躯干，天花则多分布于面部和四肢，带状疱疹常呈束带状分布。麻疹有黏膜斑（Koplik's spot），皮疹先见于耳后、面部，然后自上而下蔓延到躯干、四肢，最后达手掌和足底。皮疹类型有斑丘疹、出血疹、疱疹或脓疱疹和荨麻疹等。许多病毒性疾病如麻疹、风疹、肠道病毒感染、EB病毒感染和伤寒、猩红热等可有斑丘疹；出血热病毒感染、败血症、流行性脑脊髓膜炎等可有出血疹；水痘、天花、疱疹病毒感染和金黄色葡萄球菌败血症等可见有疱疹或脓疱疹；病毒性肝炎等可见荨麻疹。
病原体及其毒素、代谢产物侵入血液循环，引起全身感染，可引起除发热外的其他毒血症状，如头痛、全身酸痛疲乏、食欲缺乏等，严重者引起中毒性脑病、麻痹性肠梗阻等，感染不能有效控制，可出现败血症、感染性休克、弥散性血管内凝血（DIC）、多脏器功能损伤等表现。
全面的体格检查在感染性疾病的临床诊断中十分重要。体检时依据病史提供的诊断线索，进行全面系统、有目的地重点检查，可发现有诊断和鉴别诊断意义的阳性和阴性体征，对确立诊断、判断有无伴发疾病和并发症等有重要价值。
感染性疾病常见肝脏、脾脏肿大，肿大程度和质地在急性和慢性感染中各有特点。急性感染肝脏常轻、中度肿大，常伴有隐痛，质地柔软；脾脏常轻度肿大，无压痛。急性病毒性肝炎、传染性单核细胞增多症是病毒感染中引起急性肝脾肿大最常见的疾病；立克次体感染的斑疹伤寒、恙虫病，螺旋体感染的钩端螺旋体病、回归热、莱姆病，细菌性感染的伤寒、副伤寒、败血症、布鲁菌病，寄生虫感染的急性疟疾、急性血吸虫病等均可有肝脾肿大。慢性感染肝脏常中度肿大，脾脏中度或重度肿大，质地中度或偏硬，晚期血吸虫病、慢性疟疾、黑热病可有重度的脾脏肿大。
各种感染性疾病除了以上常见的症状和体征外，根据其不同的感染部位或入侵的靶器官可有其局部定位表现，如发热、头痛、呕吐伴脑膜刺激征考虑中枢神经系统感染；咳嗽、咳痰、胸痛考虑呼吸系统感染；腹痛、腹泻、恶心呕吐，则为肠道感染；发热、腰痛伴尿路刺激症状为泌尿系统感染等。黄疸、淋巴结肿大等都是诊断感染性疾病的重要线索。
某些感染性疾病表现有诊断意义的特异体征，对疾病的临床诊断至关重要，如麻疹的口腔黏膜斑、伤寒的玫瑰疹、白喉的咽假膜、恙虫病的焦痂溃疡等。第二节 流行病学资料
感染性疾病中的传染病在人群中发生、传播、蔓延及终止的过程形成了传染病的流行过程，这是传染病特有的现象。每种传染病的流行过程都需要有其传染源、传播途径和易感人群三个基本条件。
患者、隐性感染者、病原携带者和受感染的动物是感染性疾病的传染源，尤其是隐性感染者和病原携带者有更重要的流行病学意义。病原体可通过多种方式传播：呼吸道传播（麻疹、白喉、传染性非典型肺炎等）、消化道传播（伤寒、痢疾等）、接触传播（痢疾、白喉等）、虫媒传播（疟疾、黑热病等）、经血液体液传播（乙型肝炎、丙型肝炎、艾滋病等）、经土壤传播（炭疽、蛔虫、钩虫等）等。人群的易感性是决定某种传染病流行方式的因素之一，某些病后免疫力很巩固的传染病如麻疹有周期性流行的现象，与人群中对该病缺乏特异性免疫力的人增多有关。
自然因素和社会因素是造成疾病发生和影响其流行的重要因素，自然因素包括地理、气象和生态等，其对寄生虫病和虫媒传染病的流行特征的影响尤其明显。表现为疾病流行的地方性和季节性，如流行性脑脊髓膜炎以冬春季节发病为主，流行性乙型脑炎严格的夏秋季发病；黑热病、血吸虫病都呈地方性流行。某些自然生态环境为一些传染病构成了特定的自然疫源地，为疾病在野生动物间传播创造了良好的条件，如鼠疫、钩端螺旋体病等。社会因素包括社会制度、经济和生活条件、文化水平等，对传染病的流行过程均有影响。各种环境因素在不同的感染性疾病的流行过程中所起的作用不同，要着重收集每种传染病在发病年龄、职业、季节及地区分布方面的流行病学特征。如百日咳、麻疹、水痘、流行性乙型脑炎、猩红热等多见于儿童；牧民、兽医、皮革皮毛加工者等易感染布鲁菌病、炭疽病等，林业工人易感染莱姆病等；某些传染病常有疾病的接触史如麻疹、SARS、甲型肝炎等；患者的某些不良生活习惯可招致感染性疾病的发生如有生食鱼或进食醉蟹或蝲蛄者易患肺吸虫病等；输入性传染病要着重了解患者的旅行史和异地居住史等。
因此，充分利用流行病学资料有助于感染性疾病诊断，还可以预测疾病的流行趋势，研究疾病的病因和预防。第三节 实验室检查
通过全面的病史采集和体格检查，获得临床资料和流行病学资料的基础上，再借助适当的辅助检查、病原学检查、免疫学检查和基因诊断技术，对感染性疾病作出最后的确定诊断。（一）一般实验室检查
一般实验室检查包括血液、粪便、尿液、脑脊液等常规检查和生化检查。外周血白细胞的总数和分类在感染性疾病的诊断中具有重要的参考价值。化脓性细菌感染如猩红热、流行性脑脊髓膜炎、败血症等常引起白细胞总数增加，通常以中性粒细胞为主，并可伴有细胞内的中毒颗粒。绝大多数病毒感染时白细胞总数正常或减少，淋巴细胞增高，但传染性单核细胞增多症、流行性出血热、流行性乙型脑炎、狂犬病等白细胞总数增高，前两者还有异常淋巴细胞出现。某些细菌感染也可引起白细胞总数的减少，如伤寒、副伤寒、革兰阴性细菌败血症等。原虫感染如疟疾、黑热病时白细胞总数也常减少。中性粒细胞通常随白细胞总数的增减而增减。老年人等机体抵抗力下降人群，发生感染时可仅有中性粒细胞增加及细胞内出现中毒颗粒，而白细胞总数可正常。蠕虫感染如急性血吸虫病、肺吸虫病等常引起嗜酸性粒细胞增多，尤其是急性期较为明显。伤寒、流行性脑脊髓膜炎时嗜酸性粒细胞常减少。感染性腹泻、蠕虫感染等都需要粪便常规检查。流行性出血热、钩端螺旋体病等常有尿液常规检查的异常。脑脊液检查有助于中枢神经系统疾病的诊断。
生化检查可发现心、肝、肾等脏器功能损伤等。C反应蛋白（CRP）升高提示炎症的存在。降钙素原（PCT）升高提示严重的全身炎症反应综合征。（二）病原学检查
1.病原体的直接检查
许多感染性疾病的病原体可通过肉眼、显微镜或电镜检出而确诊。
2.病原体分离培养
根据不同标本及不同培养目的，进行病原体的分离培养和动物接种。分离培养可分为人工培养基分离和组织或细胞培养。细菌、螺旋体和真菌常用人工培养基分离培养，如沙门菌、志贺菌、霍乱弧菌、钩端螺旋体、隐球菌等。细菌、真菌分离培养不仅仅是证实病原体，更重要的是可根据药物敏感试验结果指导临床抗菌药物的使用。病毒及立克次体等必须在活细胞内复制、增殖，故需要用组织或细胞培养，有时需要动物接种。培养时应根据不同的病原体而选择不同的易感动物、组织或细胞进行分离培养。
检测病原体的标本有血液、骨髓、痰液、粪便、尿液、各种穿刺液、分泌物或脓液、组织活检标本等，送检的标本应根据不同疾病的特点和病程发展的阶段采集相应的标本。（三）免疫学检查
免疫学检查方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好、操作简便等优点，在感染性疾病的诊断、发病机制的研究、病情监测与疗效评价等方面具有重要的地位。通过检测血清或其他标本中特异性抗原或抗体，可确定是否有相应病原体感染，并通过检测IgG、IgM抗体，对是否是新近感染或是过去感染有鉴别诊断意义。免疫学检查还可以评价个人及群体的免疫状态。特别适用于常规方法难以分离培养的病原体所致感染的诊断，如病毒、立克次体、支原体、衣原体、深部真菌感染等。（四）基因诊断技术
基因诊断技术在感染性疾病中的临床应用已日益广泛，用于病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体以及寄生虫感染的诊断。近年来新发传染病不断出现，基因诊断在这些病原体的诊断中发挥了关键作用。常用技术主要有核酸分子杂交、多聚酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）技术。近年来，DNA测序技术、生物芯片技术及蛋白质组学技术等也逐步转化到疾病的临床诊断应用中。
核酸分子杂交技术是最先应用的基因诊断技术。与感染性疾病相关的核酸分子杂交技术有：①核酸印迹杂交，如采用Southern印迹杂交技术检测HBV对核苷类抗病毒药物的表型耐药，但由于操作复杂且难于标准化，故其在临床检测中应用不多。②反式斑点杂交技术，具有高灵敏度和高特异性，使该技术迅速在临床推广，如INNO LIPA试剂盒的开发，可进行HBV、HCV与HPV的基因型以及HBV对核苷类抗病毒药物耐药的检测。③荧光原位杂交，具有灵敏度高、准确性高，安全性好和荧光信号直观等优点，在临床诊断与科研工作中应用越来越广泛。
PCR技术作为一项成熟的技术已广泛应用于各种感染性疾病的临床基因诊断，而且延伸出多种新的方法，如巢式PCR、反转录PCR（reverse transcription PCR，RT-PCR）、多重PCR、免疫PCR、原位PCR、定量PCR、PCR-限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，PCR-RFLP）和PCR-单链构象多态性（single strand conformation polymorphism，SSCP）等。
DNA测序技术是直接分析待测基因的核苷酸序列，是最直观、最准确可靠的基因诊断技术。随着测序技术的不断改进和成本的逐渐降低，DNA测序也越来越广泛地应用于临床感染性疾病的基因诊断，如病原体的诊断、基因型分析、耐药分析等。
生物芯片技术是自20世纪90年代发展起来的新基因技术，是一种高通量、微型化、自动化检测技术，在基因诊断领域具有独到优势。生物芯片技术包括基因芯片（gene chip）、蛋白质芯片（protein chip）与芯片实验室（laboratory on chip）。目前与感染性疾病相关的主要是基因芯片，进行病原体鉴定、分型以及耐药分析等。（五）其他检查
临床上结合病情，适时进行内镜检查，包括纤维支气管镜、胃镜、结肠镜等，影像学检查如超声检查、磁共振成像、计算机断层扫描和数字减影血管造影等，以及组织病理诊断如活体组织检查、脱落细胞、尸体解剖等，在感染性疾病病原体确定、组织器官损伤病变程度评价等过程中发挥着重要作用。（金玲湘）第二章 感染性疾病实验诊断的方法
病原生物或条件致病性生物侵入宿主机体内生长繁殖、释放毒性物质导致机体内环境失调的病理过程称为感染或传染，也就是机体与病原体之间相互作用的过程。病原体突破机体的防御作用，在机体内一定的部位定植、增殖并蔓延扩散，产生临床症状而引起的疾病，称为感染性疾病。能致病的生物称为病原生物。毒力（virulence）表示致病性强弱，通常用半数致死量（median lethal dose，LD50）或半数感染量（median infective dose，ID50）表示。
病原微生物通过黏附素的黏附作用与细胞表面的受体结合。定植后的微生物进一步增殖，释放内、外毒素或其他毒性蛋白和酶如多种细菌产生的溶血素、杀白细胞素、透明质酸酶等。也有一些微生物如伤寒沙门菌、结核分枝杆菌、产单核李斯特菌等侵入宿主细胞形成胞内寄生菌。立克次体和衣原体是专性细胞内寄生。而病毒感染进入细胞后通过脱壳，直接将DNA或RNA在细胞内进行复制、转录，也由一些病毒将DNA整合到宿主染色体上，形成前病毒。造成宿主细胞正常代谢紊乱，甚至死亡。
病原微生物除了直接引起宿主损伤外，机体的免疫系统对入侵的微生物进行免疫应答，导致机体的免疫病理损伤。如溶血性链球菌感染后引起的风湿热和肾小球肾炎，慢性乙型病毒性肝炎患者体内的乙型肝炎病毒表面抗原与相应抗体形成中等大小的免疫复合物沉积在肝内血管、肾小球基底膜等，导致Ⅲ型变态反应的发生。结核分枝杆菌感染后引起迟发型变态反应，导致干酪样坏死等。
病原体通过合适的途径进入机体后，可以被机体清除，也可以定植进一步繁殖，根据病原体毒力的强弱和机体的防御能力不同，感染后可以出现病原体被清除、隐性感染、显性感染、持续感染和带菌状态等不同的临床表现形式。
感染性疾病实验诊断是根据不同病原微生物的特点，在病程的不同阶段运用各种技术寻找病原体感染的依据，达到确诊目的。第一节 细菌感染性疾病的实验诊断方法一、采集标本的基本原则（一）用于细菌分离培养的标本
1.早期采集标本 最好在病程早期、急性期或症状典型期，并且最好在抗菌药物使用前采集标本。
2.无菌采集标本 采集的标本应保证无外源性污染。采集血液、脑脊液、体腔积液、关节液或封闭的脓肿等标本时，应正确消毒穿刺点表面皮肤或黏膜，用无菌操作抽取标本；已形成窦道的部位，应从窦道底部取活组织检查；与外界相通的腔道中流出的或挤压出的脓液或分泌物，应弃去前段标本，留取后段标本进行检查；对于从正常菌群寄生部位或附近采集的标本，如口咽部、鼻咽部和泌尿生殖道等部位应采取措施避免正常菌群和其他菌群的污染，并明确检查的目标菌。
采集的标本盛放在带盖的无菌容器中。无菌容器内不得含有抑制微生物生长的物质；容器宜采用高压蒸汽、干烤等方法灭菌，对于使用环氧乙烷灭菌的容器灭菌后必须放置足够长的时间后方可使用；不得使用消毒剂或酸类处理。
3.根据病程发展的不同阶段采集标本 如伤寒患者，发病全程可采集血液或骨髓，病程的第2～3周可以收集尿液或粪便；亚急性细菌性心内膜炎患者在抗菌药使用前24小时内需作3～5次血培养。
4.根据不同感染可能出现的病原菌采集标本 由于无法预知感染的是什么病原体，因此应根据流行病学资料和临床症状，尽可能多地考虑可能出现的病原体。某些感染性疾病具有明显的地方性和（或）季节性，应根据流行病学资料和患者接触史进行判断。不同感染部位如腹腔及其周围的感染、菌血症等至少应考虑需氧菌和厌氧菌混合感染，需要同时采集需氧和厌氧培养标本。常见细菌培养阴性，要考虑少见病原体以及特殊病原体的可能。
5.正确保存和运送标本 采集的标本，均含有病原体或潜在的病原体，容器应密封不易碎，不得污染容器的口和外壁。应及时运送，防止标本干涸。
6.安全采集标本。（二）用于免疫学诊断的标本
1.血清学诊断
采集血清用于抗体的测定。病程早期可以测定IgM抗体，由于抗体的产生需要应答过程，因此早期抗体检测可能阴性，此时应在-20℃以下保存该份血清。在病程的2周后或恢复期再采集血清，与先前保存的血清同时测定抗体，如果抗体滴度有4倍以上的升高可以确定感染诊断。
2.抗原检测
需要在病原体感染部位采集，避免其他病原体污染。二、标本的采集方法（一）血液标本的采集
正常人的血液是无菌的。当细菌侵入时可引起严重的菌血症或败血症。一般情况下在患者发热初期或发热高峰时采集；对持续性菌血症可随时采集；间歇性菌血症由于菌血症时间短，应预测其体温上升期进行采血。一般在抗菌药物使用前采集2～3次，对已使用抗菌药物又无法停止使用的患者，应在下次用药前采取。
采血的部位应彻底消毒。一般采集肘静脉，宜多部位采集，如两侧肘静脉或动、静脉同时采取，可以排除污染并提高阳性率。现多提倡双侧双瓶抽取血液标本。或在感染局部的附近血管中采血，可提高阳性率。成人采血量一般5～10ml，婴幼儿1～3ml。采集的血液标本用无菌技术注入装有血液增菌培养基的培养瓶中先进行增菌培养。怀疑有厌氧菌感染时，应抽取血液同时注入需氧培养瓶和厌氧培养瓶中。厌氧培养基通常采用硫乙醇酸盐培养基、牛心脑浸液肉汤等作为增菌培养基，培养瓶密封，将瓶中空气用90%N、10%CO替换，形22成无氧环境，在培养液中加入刃天青作为指示剂，无氧时无色，有氧时呈红色应弃去不用。无论是否接种标本，血液培养瓶都不得冷藏。
若已长期使用了作用于细胞壁的抗菌药物，应考虑细菌L型感染，将血液接种于高渗培养基中，分别放置在需氧、厌氧和5%CO环境2中培养。（二）呼吸道标本的采集
1.上呼吸道标本的采集
正常情况下上呼吸道有正常菌群存在，进行普通培养无特别意义。一般采取咽拭子和鼻咽拭子。（1）咽拭子：
将舌向外拉充分暴露口咽部位，用生理盐水湿润的棉拭子在咽部轻轻涂抹；疑为白喉患者时，应在可疑白膜边缘取分泌物；化脓性扁桃体炎时应先清洁扁桃体表面的脓液，然后另取干净棉签，挤压扁桃体，取扁桃体窝流出的脓液作为标本。（2）鼻咽拭子：
用生理盐水湿润的金属棒的弯曲棉拭子绕过悬雍垂，到达鼻咽部位涂抹。常用于鼻咽部位脑膜炎奈瑟菌携带者的检查。
2.下呼吸道标本的采集
正常情况下下呼吸道无细菌或仅有少量细菌侵入，但很快被清除。下呼吸道标本采集时应防止被上呼吸道的正常菌群污染。常采集的标本包括痰液、支气管肺泡灌洗液和纤维支气管镜刷检。由于痰液的排出通过气管、咽喉和口腔，表面会黏附上呼吸道的寄殖菌，给判断病原菌带来困难。因此，标本的正确采集和处理非常重要。
痰液标本以采集晨痰为好。可让患者先用无菌生理盐水漱口3次后自行咳痰；痰液黏稠或咳痰困难者，可雾化吸入后再咳痰；儿童可加以轻叩胸骨诱发咳嗽；对支气管扩张症或与支气管相通的肺空洞患者，清晨进行体位引流可获得较多的痰液。也可用环甲膜穿刺法、纤维支气管镜下用毛刷取呼吸道分泌物或收集支气管肺泡灌洗液。采集后需要观察标本的性状，选取脓性、血性的部分作为细菌检验标本。痰液标本中如发现有颗粒、菌块及干酪样物，可能是放线菌或真菌感染。有异常恶臭，可能与厌氧菌感染有关。（三）尿液标本的采集
正常人的尿液是无菌的。但在前尿道及尿道口有正常菌群和过路菌（如大肠埃希菌、葡萄球菌等）存在，而后者又是常见的尿路感染病原菌，容易混淆。因此正确采集尿液，避免其他菌群的污染是尿液细菌检验正确与否的关键。由于很多抗菌药物或代谢产物通过尿液排泄，因此必须在抗菌药物使用前采集；女性月经期间容易污染，不宜采集。尿液的标本采集方法：
1.中段尿采集法
采集前用肥皂水清洗外阴和尿道口，再用灭菌水冲洗，无菌纱布擦拭。男性可直接排尿，用无菌容器留取中段尿10～20ml。女性则需用手将阴唇分开后排尿，用无菌容器留取中段尿10～20ml。
2.肾盂尿采集法
为确定尿中细菌来自肾脏，在膀胱镜下将导尿管插入两侧输尿管内，分别收集。
3.膀胱穿刺法
一般用于厌氧菌培养的标本采集或不能正确留取中段尿而又需确定诊断的儿童。在耻骨联合上对皮肤进行消毒，用无菌注射器作膀胱穿刺抽取5～10ml膀胱内尿液。（四）脑脊液标本的采集
正常人的脑脊液是无菌的。从脑脊液中检出细菌均应作为病原菌看待。以无菌方法采集脑脊液3～5ml，分别置2支无菌试管中。由于脑脊液中常见的致病菌如脑膜炎奈瑟菌和肺炎链球菌等能产生自溶酶，离体后迅速死亡，因此脑脊液标本采集后应立即送检或床边接种。此类病原菌对温度较敏感，在周围环境温度较低情况下，应35℃保温运送。（五）粪便标本的采集
肠道内有多种种类和数量庞大的正常菌群，因此粪便标本中也包含有大量的正常菌群，通常需要使用选择性培养基分离致病菌。引起肠道致病的细菌种类众多，有强烈致病的沙门菌属、志贺菌属、霍乱弧菌、肠出血性大肠埃希菌等；能引起一般腹泻或食物中毒的副溶血性弧菌、小肠结肠炎耶尔森菌、空肠弯曲菌等；引起二重感染的常见病原菌如金黄色葡萄球菌、艰难梭菌、真菌等。对于这些菌属的分离根据其不同的特点选用不同的方法。此外，菌群失调和菌交替症亦可引起腹泻，对正常菌群的种类和比例的检查是不可或缺的。
标本的采集：粪便标本于急性腹泻期及未使用抗菌药物前采取自然排出的粪便，挑选黏液、脓血部分2～3g，液体粪便1～2ml，置无菌容器中，或置于保存液或增菌培养基中。对排便困难者或婴幼儿可用肛门拭子法。不能立即送检的标本应放入Cary-Blair运送培养基中。自行排出的粪便标本不适用于厌氧菌培养。（六）生殖道标本的采集
正常的内生殖器官应是无菌的，但外生殖器可有正常菌群的存在，如男性尿道口、女性阴道等部位有葡萄球菌、链球菌、棒状杆菌、大肠埃希菌、分枝杆菌、厌氧菌、真菌等存在。主要的致病菌有淋病奈瑟菌、梅毒螺旋体等。在菌群失调时可发生如真菌性阴道炎、细菌性阴道炎或尿道炎等感染性疾病。
由于解剖结构的不同，男性和女性的生殖道标本采集方法有所不同。
1.男性尿道及生殖道分泌物的采集
用无菌纱布或棉球清洁尿道口，擦去尿道口自行流出的脓液，然后从阴茎的腹面向龟头方向按摩，使脓液流出，用无菌棉签将脓液采集在无菌试管中。采集前列腺标本，需要由临床医师从肛门进行前列腺按摩，收集前列腺液进行检验。
2.女性生殖道标本的采集
在阴道扩张器辅助下，分别用3支生理盐水湿润的无菌棉签直视下采集阴道后穹窿分泌物或宫颈黏液。1支作直接涂片用于常规检查；1支置无菌生理盐水管中用于检查滴虫；1支放入无菌试管中，用于常规细菌培养及抗原检查。盆腔脓肿的患者应消毒阴道后，从后穹窿穿刺抽取脓液，分别做需氧和厌氧培养。采集子宫分泌物常用双套管的方式插入子宫腔吸取分泌物。在周围环境温度较低情况下，应35℃保温运送。
3.外阴分泌物标本的采集
对外阴部位硬下疳的表面先用无菌生理盐水清洁，除去表面的脓痂，从其溃疡底部挤出少许组织液，以洁净玻片直接蘸取，加盖玻片后送检。（七）脓液、胸腹水及分泌物等其他标本的采集
封闭性脓肿可在消毒脓肿表面皮肤或黏膜后，直接穿刺抽取脓液后注入无菌试管中；开放性脓肿或瘘管，应清洁表面，从深部采取标本；对大面积烧伤或创伤的患者，应采集多个创面的分泌物标本；胸、腹水通过胸腔或腹腔穿刺获得，注入无菌试管中送检。（八）厌氧菌培养标本的采集
厌氧菌是对氧气敏感的一类细菌，在有氧气的环境中不能生存或生存极差，而且多数厌氧菌是机体内正常菌群的一部分。因此怀疑厌氧菌感染时标本的采集需要特别注意：①应尽量避免接触空气；②不被正常菌群污染。
采集厌氧菌培养标本原则上应从无正常菌群寄居的部位采取，对穿刺点进行消毒后，无菌操作抽取血液、关节液、心包液、腹、胸腔积液和膀胱穿刺液等标本；封闭性脓肿用注射器抽取；可通过纤维支气管镜保护性毛刷或支气管肺泡灌洗从支气管、肺中获取呼吸道分泌物或经支气管肺活检获取肺活组织；子宫腔分泌物采用双套管宫腔镜采取。
采集的标本应立即排空注射器内的空气（应在针头上包裹乙醇棉球），立即将注射器针头插入无菌橡皮塞中以隔绝空气，运送至实验室；最好将标本立即注入密封的无氧小瓶中，瓶中装有0.5ml厌氧培养基，并含有氧气指示剂刃天青，无氧气时不显色，小瓶内液体呈现淡黄色或无色。小瓶内液体显示粉红色表示有氧气，不能使用。也可在床边直接接种至预还原的培养基中，放入厌氧袋，打开气体发生装置，密封后运送至实验室。
以下标本不宜做厌氧菌培养：鼻咽拭子、咳出的痰液及气管抽取物、胃和肠道内容物、肛拭子、自行排出的尿液及导尿、阴道及子宫拭子、前列腺分泌物、褥疮溃疡及黏膜层表面拭子、皮肤和黏膜拭子等。三、直接涂片显微镜检查
将患者标本直接涂布在干净的玻片上作染色，用显微镜检查是简便而快速的方法之一，但并不适用于所有标本。通过直接检查可以观察细菌的形态特征及可能存在的细菌数量，也可以通过免疫学方法直接检查相关病原体的抗原获得诊断。（一）脑脊液
流行性脑脊髓膜炎患者的脑脊液和瘀斑组织液涂片，革兰染色常可显示在细胞内的革兰阴性肾形双球菌，可报告“脑脊液中找到细胞内的革兰阴性肾形双球菌，疑似脑膜炎奈瑟菌”，或用脑膜炎奈瑟菌抗体包被的乳胶凝集试验，凝集阳性有诊断价值。通过革兰染色还可以发现其他革兰阳性和阴性细菌。在对脑脊液进行革兰染色时，有些革兰阳性的细菌如肺炎链球菌被白细胞吞噬后，可转变为革兰阴性，需要加以鉴别。此外，还可通过对脑脊液墨汁负染，在黑色背景中观察到折光性很强的菌体和周围似晕轮样的宽大透明荚膜，有时可见到生芽的新型隐球菌。可用0.1%甲苯胺蓝染色将小荚膜的新型隐球菌与白细胞区别，新型隐球菌菌体呈红色，白细胞深蓝色，红细胞不着色。抗酸染色可发现抗酸杆菌。涂片检查还可以发现寄生虫等病原体。（二）咽拭子或鼻咽拭子
口咽和鼻咽部位存在大量的正常菌群，进行普通涂片染色难以鉴别致病菌。怀疑白喉患者，咽部假膜涂片可用异染颗粒染色法，可见大量典型的棒状杆菌并可见异染颗粒，有参考诊断价值。怀疑鹅口疮等二重感染时，直接涂片革兰染色可见大量真菌孢子可诊断。（三）痰液、支气管肺泡灌洗液
标本涂片用革兰染色后可以检查标本采集是否合格。低倍镜下观察如白细胞＞10个/1个视野，上皮细胞＜10个/1个视野，被视为“合格”标本，可以涂片观察标本中的细菌给予报告，但不能确定菌种；上皮细胞过多说明标本来自口腔，应重新留取。标本中有黄色颗粒或不透明颗粒，则将标本洗涤后挑取颗粒作2张涂片，分别革兰染色和抗酸染色。如发现有革兰阳性，中央为菌丝团，周围呈放射状排列，抗酸染色阳性或弱阳性，可能是放线菌或奴卡菌感染；如果菌体大小不一致，或菌体粗大，或有芽胞发现，结合标本恶臭等情况，可能是厌氧菌感染；另外还可发现如曲霉、隐孢子菌等真菌。（四）粪便
粪便标本普通涂片染色没有意义。在怀疑菌群失调或二重感染时可以涂片或取伪膜样粪便，革兰染色观察菌群分布的大致情况，如发现大量的革兰阳性球菌，或大量粗大杆菌，或大量真菌孢子可确定诊断。在怀疑霍乱时，可取“米泔水”样便或肛门拭子，用复红单染，可见大量“鱼群样”排列的弧形细菌，具有参考诊断价值。也可制成悬滴片，观察动力，如有穿梭样运动发现，同时用霍乱弧菌O1群抗血清与标本混合后发现运动消失，此为制动试验阳性，可初步报告“疑似O1群霍乱弧菌”。怀疑肠结核，可取粪便标本差速离心后，抗酸染色找抗酸杆菌。（五）尿液
尿液标本的直接涂片由于受到前尿道及尿道口寄居菌的影响，不能确定致病菌。对男性患者的尿液、尿道分泌物或脓液，可直接涂片检查，或将尿液离心后取沉淀涂片检查，发现有革兰阴性双球菌位于细胞内，可报告“疑似淋球菌病奈瑟菌”。怀疑结核分枝杆菌感染的患者可以留取晨尿或24小时尿液，离心浓缩后抗酸染色检查。（六）生殖道分泌物
女性生殖道分泌物标本常规湿涂片可以观察阴道清洁度，并可以发现真菌、阴道毛滴虫等病原体以及“线索细胞”等提示感染存在的细胞形态；疑为淋球菌感染时可对涂片进行革兰染色，可以发现革兰阴性双球菌，但特异性不高。硬下疳溃疡分泌物涂片在暗视野显微镜下可以发现螺旋体。四、病原菌分离
由于无法预知感染的病原菌，有许多病原体引起的临床表现基本相像，而有时病情紧急只能提供一份标本，因此要求实验室工作人员必须考虑尽可能多的病原体存在，结合临床表现，同时采用多种手段分离可能的病原体。（一）血液
怀疑菌血症必须要进行血液细菌培养。由于受到血液中细胞的影响，直接从血液中分离细菌比较困难。通常将血液先在血液增菌培养基中增菌培养后再行分离。为了满足病原菌的生长要求，最好选用胰大豆胨肉汤作基础，添加生长因子如Ⅴ、Ⅹ因子等。为了有效抵抗血液中残存的抗菌物质，选用聚茴香磺酸钠作为抗凝剂，添加对二甲氨基苯甲酸、硫酸镁等拮抗抗菌药物的活性；必要时添加青霉素酶。接种了血液的标本瓶应尽快放入35℃孵育箱，并加以缓慢摇动促进生长。有阳性报警或人工观察有可疑细菌生长现象时，必须尽快涂片进行染色，报告细菌的形态和染色性；同时将标本转种至固体培养基上进行分离。培养瓶人工观察3天未见细菌生长也应转种一次。培养瓶孵育7天后仍未见生长，应再次转种，确认无菌生长后报告“血液需氧细菌培养7天未见细菌生长”。
为了有效分离培养瓶中的细菌，根据涂片检查的结果应转种血平板、巧克力（色）平板、EMB平板等多种平板，并分别放置需氧环境、5%CO环境中35℃孵育。2
最好同时进行厌氧菌的检查，将抽出的血液标本排出空气后立即注入厌氧培养瓶中。如有可疑生长情况，立即接种预还原的厌氧血平板，放入厌氧环境35℃孵育48小时，同时接种血平板放入需氧环境孵育。如果厌氧血平板上生长，而需氧环境中没有生长，则报告“厌氧菌生长”。（二）呼吸道分泌物
需要接种血平板、流感嗜血杆菌选择性平板、EMB平板或麦康凯平板，必要时增加沙保弱琼脂或念珠菌显色平板。检查百日咳鲍特菌应将标本直接接种在鲍-金（Border-Gengou）平板上；白喉棒状杆菌应直接接种吕氏血清斜面或鸡蛋培养基，同时接种亚碲酸钾血平板；脑膜炎奈瑟菌带菌者的检查，应将鼻咽拭子35℃保温运送，尽快接种在35℃预温的卵黄双抗平板上，置3%～5%CO环境中24小时2后观察菌落生长情况。对化脓性A群链球菌的分离，可以使用血平板，在标本接种原始区贴一张0.04U的杆菌肽纸片作为A群链球菌存在的指示。
由于上呼吸道正常菌群的存在，需要观察血平板细菌的生长情况。如为上呼吸道的正常菌群，且比例大致正常，则报告“未检出致病菌”；如果某一种菌群明显占多数或接近纯培养，应考虑该菌与疾病有关，鉴定后报告。有时采用半定量计数的方式报告，表示菌群中某种细菌所占的比例，作为诊断时参考。（三）粪便
怀疑细菌性痢疾或伤寒的急性期患者取粪便标本或肛门（直肠）拭子直接接种肠道强选择性培养基（SS琼脂、木糖赖氨酸去氧胆酸钠琼脂）和弱选择性培养基（如Mac Conkey、EMB、中国蓝琼脂）平板各1个，35℃需氧培养18～24小时。这些培养基以乳糖作为指示，肠道致病菌一般不发酵乳糖，因此不发酵乳糖的无色菌落即为可疑致病菌菌落。病原携带者的检查，可将粪便标本接种于GN增菌液（适用于沙门菌属和志贺菌属）和亚硒酸盐或四硫磺酸盐增菌液（适用于沙门菌属）35℃孵育18～24小时后，将GN增菌液转种于肠道强选择性培养基，而亚硒酸盐或四硫磺酸盐增菌液接种于弱选择性培养基上，35℃需氧培养18～24小时。
可疑霍乱患者，取“米泔水”样便或已接种于保存液中的粪便标本0.5～1ml，或肛门（直肠）拭子接种于碱性蛋白胨水中进行35℃增菌，同时接种TCBS琼脂平板或含糖双洗平板、庆大霉素琼脂平板、4号琼脂平板。碱性蛋白胨水增菌管培养6小时后，取增菌液表层菌膜移种于上述平板中进行分离培养，同时取增菌液作革兰涂片染色和悬滴法动力试验及制动试验，阳性者及时报告。
怀疑副溶血性弧菌感染，取可疑粪便（或可疑食物）接种于副溶血性弧菌增菌液中，同时划线接种于副溶血性弧菌选择性平板和SS平板上，35℃18～24小时培养后观察菌落生长。副溶血性弧菌增菌管孵育16～18小时后移种至上述平板中35℃18～24小时培养后观察菌落生长。
引起肠道致病的大肠埃希菌有5型：肠致病型大肠埃希菌（EPEC）、肠侵袭型大肠埃希菌（EIEC）、肠毒素型大肠埃希菌（ETEC）、肠出血型大肠埃希菌（EHEC）和肠凝聚型大肠埃希菌（EaggEC）。取可疑粪便标本接种在中国蓝平板（或Mac Conkey平板或EMB平板），35℃18～24小时，挑取5～10个乳糖发酵菌落，确认为大肠埃希菌，用EPEC、EIEC的多价抗血清进行凝集；疑为ETEC则采用改良Elke法测定LT，用乳鼠灌胃试验测定ST。对怀疑EHEC感染的患者标本，应接种在山梨醇麦康凯琼脂平板，挑选山梨醇不发酵的菌落，用抗血清鉴定血清型。
怀疑小肠结肠炎耶尔森菌感染，将可疑粪便同时接种于新耶尔森菌选择培养基（NYE）、Mac Conkey及SS琼脂平板，35℃48小时后选择无色、透明或半透明、较小菌落进一步鉴定。带菌者可将粪便或肛拭子接种于1/15mol/L pH 7.4～7.8的PBS中，在4℃进行冷增菌，在第7天、14天和21天取增菌液分别接种上述平板培养分离和鉴定。
疑为空肠弯曲菌感染，取可疑粪便或在Cary-Bair运送培养基中的粪便标本接种于Camp-BAP血琼脂或Skirrow血琼脂，或接种于CEM增菌液在微需氧环境下培养18～24小时后接种上述平板，在微需氧环境下培养42～48小时后，观察平板菌落生长情况。（四）尿液
为了区别污染菌和病原菌，采用倾注培养法和定量接种法进行尿5液菌落计数。一般认为中段尿液中的菌落数＞10/ml为真性细菌尿，445＜10/ml可能为污染菌，10～10/ml为可疑阳性需重新复查，如仍为同样结果，则应视为病原菌。尿量、尿液在膀胱中停留的时间及使用利尿剂等会影响尿液菌落计数的结果。
普通尿液培养一般接种血平板和EMB（或Mac Conkey平板），或CLED平板。需氧环境培养18～24小时后，根据菌落计数结果确定病原菌，再根据细菌特性进行鉴定。
尿液中细菌L型较为常见，特别是在使用了抗细胞壁类抗菌药物后。可同时接种细菌L型平板，置5%～10%CO环境培养。2
硝酸盐还原法、氯化三苯四氮唑（TTC）还原法、尿中抗体包被细菌法和产色培养基法等方法可以快速提示尿液细菌感染的存在。（五）脑脊液
收到脑脊液标本后应立即接种在35℃预保温的血平板和巧克力平板上。床边接种时直接将脑脊液滴入上述平板中。置5%～10%CO环境35℃培养18～24小时，观察菌落生长情况，根据菌落特2征和涂片染色结果进行进一步鉴定。脑脊液标本一般经3天培养仍未见细菌生长，可报告“经3天培养无细菌生长”。五、病原菌的鉴定
根据分离培养基平板上的细菌菌落特征，将病原体鉴定到种的水平，有时需要鉴定亚型或血清型。病原菌的鉴定主要有以下内容：（一）分离平板上的菌落特征
菌落大小、颜色、菌落类型（光滑或粗糙）、透明度、边缘情况等；平板上的特征如溶血、迁徙等；选择性平板上的特征性反应如乳糖发酵情况等。（二）细菌染色性及形态特征
革兰染色阳性、阴性；球菌、杆菌等。（三）细菌的生理生化反应结果
细菌的营养、气体、温度等生长要求，各种碳水化合物的代谢试验，蛋白质和氨基酸代谢试验，碳源和氮源利用试验，各种酶类试验，抑菌试验等。（四）细菌产生的特异毒素测定
如白喉毒素、ETEC的肠毒素（LT、ST）、金黄色葡萄球菌的肠毒素等。（五）细菌抗原型别测定
用特异分型血清进行鉴定如沙门菌属、志贺菌属的分型鉴定。（六）细菌特异基因的鉴定
针对16SrRNA的种特异编码基因或细菌具有的毒力编码基因等。（七）动物感染性试验
将可疑病原菌感染敏感动物，观察动物发病情况以及从感染动物体内分离病原菌。（八）基质辅助激光解析电离飞行时间质谱
基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF-MS）是近年来发展起来的一种新型的软电离生物质谱。仪器主要由基质辅助激光解吸电离离子源（MALDI）和飞行时间质量分析器（TOF）两部分组成。MALDI的原理是用激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光中吸收能量传递给生物分子，而电离过程中将质子转移到生物分子或从生物分子得到质子，从而使生物分子电离。适用于混合物及生物大分子的测定。TOF的原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测即测定离子的质荷比（M/Z）与离子的飞行时间成正比，检测离子，形成不同的指纹图谱。通过建立各种已知微生物的标准指纹图谱，将待测微生物的蛋白质指纹谱图与数据库中各种已知微生物的标准指纹图谱进行比对，可对微生物进行分类鉴定。六、检测细菌的特异性抗原及抗体（一）抗原检测
利用各种检测抗原的敏感方法，如对流免疫电泳、放射免疫、酶免疫、发光免疫、胶乳凝集以及胶体金标记等方法，直接从患者标本中检测细菌抗原作快速诊断。如在细菌性脑膜炎中，利用特异性抗体包被胶乳颗粒，检测脑脊液中可能存在的肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌等细菌的抗原，特异性好，敏感性高。检测抗原的方法可以在抗菌药物使用后，细菌生长被抑制，此时培养方法不易检出细菌，但仍可在短期内检出抗原的存在，从而有助于明确病因。（二）抗体检测
在某些细菌感染性疾病（如梅毒、军团菌病等）中，当出现临床症状时病原体仅短时间内存在或分离病原体较为困难；或由于细菌感染后出现了变态反应（如溶血性链球菌、耶尔森菌、衣原体等感染后的关节炎等），出现临床症状时不太可能分离到病原菌。此时可通过抗体检测来确定诊断。人体受病原菌感染后，经一定时间的免疫应答产生抗体，抗体的量随病原菌感染过程而增多，表现为抗体滴度升高。因此用已知的细菌或抗原检测患者体液（主要为血清）中有无相应抗体及抗体量的动态变化，可辅助诊断。一般采用血清进行试验，故又称为血清学试验。
血清学试验通常测定血清中抗体的滴度。所谓滴度是抗体的半定量测定，是指能检测到抗原抗体反应的最高血清稀释度。不同的测定方法的滴度不具有可比性。正常人如已经受过某些病原菌隐性感染或近期进行过预防接种，血清中可能含有对该种病原菌的一定量的抗体，因此必须有抗体滴度升高或随病程递增才有参考价值，可作为间接检测病原体的筛选试验。大多数血清学试验的诊断需取患者双份血清，即一份在疾病的急性期，另一份在恢复期（一般为病程的第2～6周后），当抗体滴度升高4倍以上方有诊断价值。此外，补体结合试验和间接血凝试验也是常用的方法，单份血清测定的结果对于判断急性或既往感染的存在和持续时间、是否早期感染的作用有限，主要为恢复期的回顾性诊断。检测结果阴性不能排除急性感染的存在。七、检测细菌遗传物质
通过检测病原体遗传物质来确认病原体也许是检查病原体最为直接快速的方法了。目前比较成熟的技术包括基因探针技术和PCR技术，主要针对细菌的16SrRNA和一些特有基因进行检测。但对检出的结果需要谨慎对待，解释需要有临床症状的支持，特别是在有正常菌群寄居的部位检出的结果。（一）基因探针技术
用标记物标记细菌染色体或质粒DNA上的特异性片段制备成细菌探针，待检标本经过短时间培养后，经过点膜、裂解变性、预杂交和杂交后，利用探针上标记物发出的信号可以知道杂交结果并判断病原体的性质。（二）聚合酶链反应（PCR）
这是20世纪80年代末发展起来的一项技术，针对病原体的特异基因设计的特异引物，细菌标本（不经培养或培养后）经过简单裂解、变性，就可在反应缓冲液中进行扩增反应，在PCR仪经过25～30个循环后，通过琼脂糖电泳即可观察扩增结果，检出病原体。现在已通过实时荧光定量技术可以对标本中病原体的基因数量进行定量分析，提高了检测的灵敏度和可靠性，尤其适用于那些培养时间较长的病原体的检查，如结核分枝杆菌、支原体等。PCR高度的敏感性使该技术在病原体诊断过程中极易出现假阳性，避免污染是提高PCR诊断准确性的关键环节。
近几年来，等温扩增技术和新一代DNA测序技术也得到了一定的应用。
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