作者：重庆医科大学校史编写组
出版社：人民卫生出版社
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重庆医科大学校史(2006—2016)试读：
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重庆医科大学校史．2006—2016／重庆医科大学校史编写组编写．—北京：人民卫生出版社，2016
ISBN 978-7-117-23093-3
Ⅰ．①重… Ⅱ．①重… Ⅲ．①重庆医科大学-校史-2006-2016 Ⅳ．①G649.287.19
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版权所有，侵权必究！重庆医科大学校史（2006—2016）
编 写：重庆医科大学校史编写组
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标准书号：ISBN 978-7-117-23093-3
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峥嵘岁月一甲子，薪火相传六十年。
2016年是重庆医科大学建校六十周年。自1956年由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建至今，一代代重医人风雨兼程，拼搏奉献，不断推动重庆医科大学迈上新的发展台阶。在六十年的时间轴上，重庆医科大学持续不断地进步：1956年招收首届本科学生，1979年开始招收研究生，1981年成为国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，1985年学校由重庆医学院更名为重庆医科大学，1997年获教育部批准举办临床医学七年制，1998年成为全国首批临床医学博士、硕士专业学位授权点单位，2001年成为国家重点建设的西部十四所高校之一，同年开始招生来华留学生，2012年成为全国首批中西部高校基础能力建设工程支持高校、首批卓越医学人才培养试点单位和中国政府奖学金院校，2013年被评为全国首批来华留学示范基地，2015年成为首批国家卫生计生委、教育部与省级政府共建的九所地方医科大学之一，同年成为首批中医学博士、硕士专业学位授权点单位。2016年成为全国首批恢复举办儿科学本科专业的八所医科院校之一。
刚刚过去的十年，正是学校实施“十一五”和“十二五”发展规划的十年。十年里，伴随着中国经济高速发展和高等教育、医疗卫生事业的改革，重庆医科大学全体师生员工凝心聚力，克服困难，抢抓机遇，锐意改革，开拓创新，不断开创重庆医科大学发展的新局面：确立了“学科优势突出、办学特色鲜明，开放型、国际化的高水平医科大学”的办学定位和发展目标，完成了以校区和附属医院布局与建设为核心的二次创业、办学层次结构的重大调整，积极开展了管理体制与机制的创新，深入推进以绩效分配与激励机制、教学科研组织模式和医学人才培养体系为核心的综合改革，提高了管理治理能力和办学效益，改善了学校的经济状况和教职工的福利待遇，充分调动教职员工的积极性和创造力。毫无疑问，改革、创新、开拓、跨越，是贯穿学校近十年发展最重要的关键词。学校在办学条件、人才培养、科学研究和社会服务等各方面取得了显著进步，办学能力和水平实现了新的突破和跨越，学校综合实力不断提升，实现了多年来努力追求跨入“省部共建”高校行列的目标。这些成绩，为六十年的建设画上了一个基本圆满的句号，同时也为未来更大的发展开创了更多的空间和更高的平台。
在人类历史的长河中，六十年只是短短一瞬间，但六十年在我们的文化传统中却有着特殊的意义：六十年，是干支周而复始循环的终点和新的起点。对重庆医科大学而言，六十周年是办学历程中承前启后、继往开来的重要里程碑。这个特殊的时间节点上，我们既要回顾六十年的办学历程、全面总结“十一五”“十二五”的办学经验和成绩，更要展望未来，筹谋规划“十三五”和更加长远的发展，推动学校向更高台阶、更高水平奋进。
2016年，既是学校“十三五”规划的开局之年，也是重庆医科大学新甲子的起点。站在新的历史起点上，我们相信，重医人必将更加奋发有为，继续以改革创新、拼搏奉献的精神，加快推动高水平医科大学的建设进程。
我们期待创建高水平医科大学的宏伟愿景早日实现！校长 雷寒 党委书记 吴小翎2016年7月第一章 从管理迈向治理
2006—2016年，是学校实施“十一五”和“十二五”规划的关键十年。在两个五年规划期间，学校精心制定发展规划，逐步明确了建设高水平医科大学的办学目标，并围绕这一宏伟目标，调整办学层次结构，规范和加强学校管理，不断完善管理体制和运行机制，提升管理水平和办学能力，为推动学校的基础能力建设、综合改革和发展战略的实施奠定了良好基础。随着现代大学制度建设的推进，学校认真落实党委领导下的校长负责制，完善教职工代表大会制度，推进学术组织体系和大学章程的建设，初步建立起“党委领导、校长负责、教授治学、民主管理”的内部治理结构，逐步实现从管理向治理的跨越。一、科学确定发展定位，引领学校事业发展（一）加强学校领导班子建设，不断提升治校能力
2004年9月，中共重庆市委、重庆市人民政府调整学校领导班子：吴小翎为学校党委书记，雷寒、杨少文为副书记；雷寒为校长，董志、万立华、邓世雄、谢鹏、黄爱龙为副校长。
2006年6月，中国共产党重庆医科大学第八次党代会召开。会议选举产生第八届委员会和新一届纪律检查委员会。同日，第八届委员会和新一届纪律检查委员会，分别召开了第一次全体会议，选举万立华、邓世雄、杨少文（女）、吴小翎、董志、谢鹏、雷寒等7人为党委常委（按姓氏笔画排序），吴小翎为党委书记，雷寒、杨少文为党委副书记。选举杨少文为纪委书记。此后，为加强学校领导班子建设，重庆市委对学校领导班子进行了多次调整充实。
2007年1月，任命陈志勇为中共重庆医科大学委员会委员、常委、副校长（正校级）。
2009年1月，学校党委副书记、纪委书记杨少文因病逝世。同年8月，任命陈志勇为中共重庆医科大学委员会副书记、纪委书记，免去其副校长职务。
2011年7月，任命冯跃林为中共重庆医科大学委员会委员、常委、副书记；任命田杰为中共重庆医科大学委员会委员、常委，副校长；任命杨竹为重庆医科大学副校长。免去万立华党委常委、委员和副校长职务。
2011年12月23日，中国共产党重庆医科大学第九次代表大会隆重召开。大会选举产生了中共重庆医科大学第九届委员会委员21人，新一届纪委委员11人。23日晚，第九届委员会和新一届纪律检查委员会分别召开第一次全体会议，选举邓世雄、田杰、冯跃林（女）、伍铮、吴小翎、陈志勇、董志、谢鹏、雷寒（按姓氏笔画排序）为党委常委，选举吴小翎为党委书记，雷寒、冯跃林、陈志勇为党委副书记，选举陈志勇为纪委书记。
2014年7月，任命魏光辉为中共重庆医科大学委员会常委、副书记和纪委书记。免去陈志勇中共重庆医科大学委员会副书记、常委、委员和纪委书记职务，免去董志中共重庆医科大学党委常委和副校长职务。
十年来，学校党委按照打造“学习型、服务型、创新型”领导班子的目标，着力加强领导班子建设，领导班子成员先后到中央党校、国家教育行政学院、延安干部学院、井冈山干部学院、浦东干部学院和重庆市委党校进修学习，不断适应发展新形势，夯实理论基础，提升战略思维，强化发展意识，使领导班子在决策过程中，敢于打破传统思维和眼界局限，把学校发展放在医学教育面临的新问题和新任务中来把握，放在未来医学教育和卫生体制改革发展的方向和目标中来思考，放在高等教育改革发展的大格局中来谋划。
同时，学校认真落实党委领导下的校长负责制要求，建立和完善了《党委常委会议事规则》和《校长办公会议事规则》等相关制度。在学校发展大局上始终坚持党委集体领导、分工负责、民主集中、沟通协商的原则，充分发挥了班子每位成员的智慧和作用，领导班子通过不断磨合、加深理解，逐步建立和形成了良好关系，班子凝聚力、战斗力不断增强，在决策过程中认真贯彻民主集中制原则，坚持从有利于学校科学发展的大局出发，重大事项充分讨论、集思广益，使领导班子始终站在时代前沿，成为驾驭全局、引领学校事业发展的坚强领导核心，确保了科学、民主、依法决策，促进了学校各项事业全面、快速发展。（二）精心制定发展规划，逐步明确发展目标
2003年1月，时任教育部部长周济首次提出，高等学校要精心制定发展规划。一所大学要实现健康可持续发展，必须要有科学合理的定位和办学目标，它关系到学校往什么方向发展。走过了50年办学历程后，重庆医科大学新的领导班子在高等教育和医学科学发展的新形势下，精心规划学校未来，科学定位学校发展目标。2006年年初，学校审议通过《重庆医科大学“十一五”发展规划（2006—2010）》，确定了“立足重庆，服务西部，面向全国，走向世界”的办学思路和“建设特色鲜明、在国际上有一定影响、国内一流的以医学为主的多科性教学研究型医科大学”的中长期目标。
2010年发布的《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》提出了“提高质量是高等教育发展的核心任务”的新要求，高等教育进入转变发展模式、注重体制改革和质量提升的新阶段。2010年底，学校启动“十二五”规划编制工作，2011年9月，《重庆医科大学“十二五”发展规划（2011—2015）》通过党委常委会、校长办公会审议。“十二五”发展规划确定了建设“学科优势突出、办学特色鲜明，开放型、国际化的高水平医科大学”的发展目标和“以医学为主，多学科协调发展，以本科教育为主体，着力发展研究生教育；教学科研并重”的办学思路。同时，规划提出“人才强校、特色发展、交叉集成、开放合作”四大发展战略，并将人才培养质量与办学能力提升、科研水平与科技创新能力提升、管理水平与保障能力提升、社会服务能力提升作为“十二五”期间学校发展的主要任务。
经过“十一五”“十二五”两个五年规划的建设和发展，学校人才培养、科学研究和医疗服务等各项事业取得巨大进步，办学能力、办学水平和综合实力显著提升。以此为基础，并结合国家“双一流”（一流大学和一流学科）建设总体方案，学校在制定《重庆医科大学“十三五”发展规划（2016—2020）》中，继续以“学科优势突出、办学特色鲜明，开放型、国际化的高水平医科大学”为发展定位，实施“人才强校、特色发展、交叉集成、开放合作、信息技术引领、改革创新驱动”等发展战略，提出到2020年基本建成高水平医科大学，学校整体办学实力显著提升，力争进入“一流学科”计划，并为2030年2～3个学科进入“一流学科”奠定基础。（三）调整办学层次结构，大力发展本科和研究生教育“十五”期间，学校办学规模略有扩大，但办学层次结构严重失调。2000—2004年，各年本科招生数分别为936人、1142人、1489人、1969人、2230人，专科招生数分别为1357人、1962人、1935人、3160人、3249人，专科招生的绝对数量和增幅均远远大于本科。到2004年底，学校全日制在校生17 149人，其中研究生1564人（占9.12%）、本科生7431人（占43.33%）和专科（高职）生8154人（占47.55%），专科在校生规模超过了本科。本科规模偏小、专科规模过大，办学层次结构严重失调，既不符合本科院校办学定位和办学目标，也不适应重庆市医学卫生人才的需求，更不利于学校的健康可持续发展。2005年初，学校对本专科招生结构做了及时调整，即扩大本科招生，大幅度缩减专科招生。同时，将“以本科教育为主体，着力发展研究生教育”作为学校的办学层次结构定位列入《重庆医科大学“十一五”发展规划（2006—2010）》。自此学校开始了持续近十年的办学层次结构、学科专业结构调整，在保持招生规模总量小幅增长的同时，使有限的教学资源更多地集中到学校办学重点上来。一方面，积极增设本科专业和硕士博士学位点，为本科教育和研究生教育规模的扩大奠定基础。另一方面，持续大幅度缩减专科招生规模，少量专科招生计划主要用于为四川凉山彝族自治州民族地区培养基层医疗卫生人才。
通过几年持续调整，学校办学层次结构不断优化，本科教育和研究生教育规模显著发展，研究生和本科生之比保持基本稳定，专科规模逐年缩小，形成了符合学校定位、有利于学校持续健康发展的办学层次结构。本科专业数量由2006年的12个增至2016年的33个，增长了175%。2006—2016年，一级学科硕士点由6个增至12个，硕士专业学位授权点由2个增至11个，一级学科博士点由2个增至4个，博士专业学位授权点由1个增至2个。截至2015年底，全日制在校生26 782人，比2006年增加9669人，增长56.5%。其中，研究生5109人，增长121.3%；本科生20 609人，增长128.6%；专科生1064人，减少81.6%。全日制在校生中，研究生、本科生和专科生的占比分别为19.07%、76.95%和3.97%。（四）主动适应发展形势，增设和调整内部机构
2006年以来，为更好地适应高等教育和医学卫生事业发展，学校根据学科专业建设和管理工作需要，调整和新增了一批教学科研组织与管理机构。
2006年，撤销药学系，成立药学院；撤销护理系，成立护理学院。依托重庆医科大学附属口腔医院，组建重庆医科大学口腔医学院，医院和学院实行“两块牌子，一套班子”。
2007年，撤销应用技术学院，将其原有资源和人员整合到第一临床学院、基础医学院；原应用技术学院附属医院更名为重庆医科大学社区医疗中心（正处级）；成立缙云校区管理委员会、信息管理系、实验教学管理中心（2009年调整为处级机构）。
2008年，设立重庆医科大学附属大学城医院；缙云校区建设指挥部更名为重庆医科大学基本建设指挥部；成立神经科学研究中心、分子医学与肿瘤研究中心、干细胞与组织工程研究室、法医学与生物医学信息研究室、临床病理诊断中心、生命科学研究院。
2009年，经重庆市编办批准，重庆市第二人民医院成建制划转重庆医科大学，更名为重庆医科大学附属永川医院；组建第五临床学院，与附属永川医院实行“两块牌子，一套班子”。
2010年，重庆医科大学社区医疗中心更名为重庆医科大学大公馆医院。
2011年，管理学院与公共卫生学院合并，成立公共卫生与管理学院，原管理学院社会科学教学部调整组建思想政治教育学院；学报编辑部更名为重庆医科大学期刊社；医学检验系更名为检验医学院，生物医学工程系更名为生物医学工程学院，外国语部更名为外国语学院，重庆医科大学临床学院更名为重庆医科大学第一临床学院；大公馆医院并入重庆医科大学附属大学城医院；成立重庆医科大学分子医学检测中心。
2012年，研究生学院更名为研究生院。第一临床学院、第二临床学院、儿科学院均成立研究生管理处。
2013年，成立教育研究与发展规划处；设立重庆医科大学附属黄水康复医院。
2014年，成立信息化建设与管理办公室。撤销现代教育技术中心，其原有职能分别划归信息化建设与管理办公室和教务处，成立教务处现代教育技术科。整合信息管理系和基础医学院计算机教研室、数学教研室和物理教研室资源，组建医学信息学院、医学信息工程与应用研究所；成立港澳台事务办公室，与外事处合署办公；成立袁家岗校区管理委员会。二、完善管理体制机制，提升保障服务能力（一）建立多校区管理体制和运行机制
随着学校缙云校区和袁家岗校区功能定位的明确，校园建设逐步完善，构建学校、校区二级管理体制的重要性日益凸显。在缙云校区开工建设后，学校为确保两个校区的良好运行和协调发展，积极研究探索多校区的管理体制和运行机制。
2007年2月，学校成立缙云校区管理委员会。3月22日，管委会首批5名工作人员到岗履职，着手校区绿化和筹备运行前期工作。4月18日，雷寒校长主持召开关于缙云校区运行管理的第一次工作会议，对缙云校区管委会的职能、运行管理模式及初创阶段重点工作作了明确指示。6月初，学校正式确定了缙云校区管委会组织机构，管委会作为学校行政的派出机构，实施扁平化的属地化管理，下设管委会办公室、教学与教学设施管理办公室、学生工作办公室、后勤保卫办公室等4个直属部门，分工负责缙云校区管理工作。学校任命邓世雄副校长兼任管委会主任。同年12月1日，学校党委同意成立缙云校区管委会党支部。截至2007年10月，缙云校区拥有行政后勤管理服务人员176人（其中管委会直属部门人员105人，驻区单位人员71人）。截至2015年12月，缙云校区拥有行政后勤管理人员331人，在校学生13 008人。
校区启用前期，缙云校区管委会按学校要求拟定了直属各部门及各岗位职责、草拟了校区运行管理方案、校园管理、校区工作例会、现场办公等制度。完成了校区各楼宇命名、房间编号、楼层索引、道路标识牌、门牌、功能牌等标识建设。2007年7月，根据学校对新老校区的功能定位和资源整合的要求，应用技术学院、中医药学院成为首批入驻新校区的单位。管委会及时做好筹备和组织工作，确保两院搬迁和2007级本科新生报到入住工作顺利完成。10月10日，缙云校区启用仪式即首次开学典礼举行，标志着缙云校区正式投入使用。
为确保学校行政主体迁至缙云校区后，袁家岗校区继续为学校科学研究和研究生教育提供更高水平的保障和更好的服务，2014年4月，学校成立重庆医科大学袁家岗校区管理委员会，任命黄爱龙副校长兼任管委会主任。袁家岗校区管委会作为学校行政的派出机构，主要负责袁家岗校区事务的综合协调、校区环境、教学资源、科研平台的物业管理等工作。管委会下设办公室作为管委会办事机构，并将原属于教务处的实验教学管理科更名为教学设施管理科，划归管委会，具体负责袁家岗校区教学设施的管理与维护。袁家岗校区管委会成立后，建立了工作例会、专题会、突发事件应急预案和响应机制等工作机制。管委会成立以来，牵头协同多个职能部门共同完成教学活动出勤分析预警系统建设，制定了《袁家岗校区停车管理办法》等，规范和加强了校区管理。
经过近十年的实践探索，“学校—校区—职能部门”的校区管理体系不断成熟、完善，形成了管委会与职能部门工作无缝连接，属地管理与院系工作相互支撑，学生安全教育中心等学生自律组织积极参与管理与服务的格局。两个校区管委会贯彻扁平管理、综合协调、服务师生的工作理念，通过“属地化”“园区化管理”“项目管理”等新模式，逐步构建起由校区管委会统筹协调、检查督办为主导，职能部门业务工作纵向延伸、条块结合、纵横交叉的管理体制和运行机制。（二）开展二级学院考核，强化附属医院管理
二级学院（系）是学校办学和人才培养的主要平台和载体，其教学质量和管理水平，直接影响学校的人才培养质量和办学水平。为促进院系重视和加强教学工作、规范教学管理，切实提高教育教学质量，2005年，学校设立教学奖励津贴，用于奖励教学工作质量好的单位和个人。同时，建立院系教学工作考核评价制度，考核评价内容包括教学建设、教学质量、教学管理、教学改革与研究等四个方面，考核周期为每年开展一次，考核评价结果直接与教学奖励津贴挂钩。2005年10月，学校首次对基础医学院等校本部八个院系开展教学工作考核评价，2006年考核评价单位扩大到包括各临床学院在内的所有二级教学单位。
在总结五年院系教学工作考核评价的基础上，2009年，学校启动了院系绩效考核工作，将院系教育教学、科学研究、学科建设、队伍建设和管理工作等全面纳入考核评价范围。考核内容分为院系年度总体贡献、院系人均贡献和院系管理工作水平三个模块，其下20项二级指标，96个考核项目，基本覆盖了学院教学、科研、管理等各方面的工作，初步形成院系工作绩效考核评价体系。此后几年，学校继续推进和完善院系绩效考核工作，对考核评价指标进行了修订和完善，调整部分指标权重，将教学研究、质量工程等需要政策倾斜和扶持的项目纳入绩效考核指标体系，引导院系加强教学科研建设，提高管理水平。同时，随着学校教学工作重心逐步向缙云校区转移，为加强院系在缙云校区的工作，学校还在缙云校区开展了院系工作目标考核，以促进院系管理人员投入更多精力到育人和管理工作中。通过实施绩效考核，充分调动院系管理工作的积极性，提高院系办学水平和管理、服务能力。
为推动办学重心下移，增强院系办学活力，2015年3月，学校制定《重庆医科大学院系工作经费管理办法》，明确了院系运行和发展的工作经费按照上一年度院系绩效考核结果划拨。院系工作经费由院系自主安排，可用于除人员津贴以外的所有院系工作经费支出，包括办公、教学、科研、学科建设、人才培养、接待和劳务支出等方面，赋予了院系更大的办学自主权。
附属医院作为医院和学院一体的学校下设二级单位，是学校的重要组成部分，更是支撑学校医学人才培养、学科建设、科学研究和社会服务的核心办学资源。2008年以来，学校建立了附属医院工作汇报制度，每年初召开附属医院年度工作总结会，各附属医院汇报医院全面工作和发展状况。学校通过总结会，掌握附属医院总体状况，指导医院发展。2014年底，市委巡视组进驻学校开展巡视工作，市纪委有关领导也来校专题调研，对学校进一步加强附属医院监督和管理，理顺学校和医院关系提出了要求。
为落实市委、市纪委的有关要求，2016年3月，学校印发《中共重庆医科大学委员会重庆医科大学关于进一步加强和改进附属医院管理工作的意见》（简称《意见》）。《意见》明确，学校党委负责对附属医院党的工作的领导，负责对附属医院党的建设、思想政治教育、中层干部选任及党风廉政建设作统一部署、安排，负责领导干部的日常监督、教育和管理。学校行政负责附属医院行政工作的组织协调，负责对附属医院教育教学、科技创新、学科建设、人事管理、审计监察等具体业务工作的领导和监督。学校纪委负责加强对附属医院党风廉政建设和反腐败工作的组织协调，加强对附属医院党风廉政建设具体业务工作的领导，履行监督执纪的职责。《意见》规定，附属医院应及时主动定期向学校报告工作，遇有重大或紧急事项应随时报告。凡涉及“三重一大”问题、党风廉政建设、教育教学、科技创新、学科建设、组织人事、审计监察等附属医院改革发展情况，须按有关规定报学校审批或备案；在程序上，凡报上级部门审批备案的事项，须首先报送学校审批同意和备案许可。该意见下发后，各附属医院认真组织学习，传达文件精神，并按照学校要求制定实施办法。（三）强化财务和资产管理，提升资源管理效益
2005年以来，针对当时较为困难的经济状况和管理中存在的问题，学校采取加强财务管理、规范设备资产及教学科研耗材采购和管理，加强审计监察工作等系列措施，有效提升了资源的利用和管理效率，保障了学校经济活动健康开展。
紧紧围绕学校建设发展需要，建立“统一领导，集中管理”的财务管理体制，形成了以校长、分管校领导、职能部门负责人、项目负责人、财务人员及教职员工为经济责任主体的经济责任体系。建立健全财务制度，严格执行财政收支两条线管理规定，合理编制预算，严格控制财务赤字，规范经费支出。2006年以来，建立健全了《重庆医科大学经费审批管理办法》《重庆医科大学院系教学经费使用管理暂行办法》《重庆医科大学重点学科建设经费使用管理办法》《重庆医科大学科研经费管理办法》《重庆医科大学公务出差经费管理办法》等60余项财务规章制度，努力做到用制度管人、用制度管财、用制度管物。开源节流，充分利用现有资源，统筹安排、合理优化、量力而行，努力为学校教学、科研正常运行，缙云校区和附属医院建设，师生民生保障等提供有力的经济支撑。
建立校内资产由学校统一购置、使用、调配的制度，严格按照主管部门规定程序处置国有资产，充分发挥国有资产的使用效益，确保国有资产的保值增值。2005年起，取消原有5万元以下设备可由用户自行采购的规定，所有设备均由学校按照规范要求集中采购。水电、图书、教材等耗材的采购由原来各职能部门自行采购调整为学校设备处统一采购。废除学校原有的自行采购管理办法，所有设备和耗材采购均按照重庆市有关管理办法执行。同时，规范资产的登记和管理，督促用户提高资产使用效益，按照有关要求定期开展资产的清查。
2006年以来，随着缙云校区建设、袁家岗校区改造和附属医院建设相继推进，学校积极加强经济活动审计和监察监管工作。基本建设工程严格按照重庆市有关招标管理规定执行，所有工程和大型设备招标均由业务部门与财务、审计、纪检监察部门共同参与。同时，积极健全和完善审计规章制度，对学校经济活动进行全方位审计，包括基建工程项目、零星维修项目、水电气专项、物资设备采购、绿化工程项目、商务活动和学校财务收支、财务预算等，特别是基建工程项目，实行包括事前、事中、事后的全程跟踪审计。通过规范和加强审计工作，不仅为学校节省了大量经费，维护了学校的经济利益，同时也促进了干部队伍的廉洁和学校经济活动的健康发展。2008年，学校被评为全国和重庆市内部审计先进集体。（四）整合办学资源，推进“两院”实质性融合
根据重庆市高校结构调整安排，经重庆市人民政府批准，重庆市中医学校于2001年、重庆职工医学院于2002年先后并入重庆医科大学。重庆市中医学校并入学校后组建重庆医科大学中医药学院，2002年2月28日正式挂牌。重庆职工医学院并入重庆医科大学后，与重庆医科大学成人教育学院、高等职业技术学院整合，组建成立重庆医科大学应用技术学院，2002年12月28日正式挂牌。
中医药学院和应用技术学院（简称“两院”）成立初期，作为二级学院，在学校的管理和指导下相对独立运行，保留其教学、科研、行政管理机构，财务核算单独进行。为进一步优化资源配置，提高管理效率，促进两院与学校的真正融合，2007年9月，学校以两院迁入缙云校区为契机，对两院的教学组织和管理机构进行了整合，正式纳入学校二级学院的统一建设和规范管理。
在教学组织方面，将应用技术学院全部教研室、中医药学院公共课程和公共基础课程教研室撤销，相关师资分别整合到学校基础医学院、外国语学院、体育工作部、第一临床学院等单位相应的教研室，中医药学院只保留中医学、中西医结合、中药学3个学科专业的6个专业课程教研室。在管理机构方面，两院除保留学院办公室、教务科外，撤销党办、学生科、保卫科、离退休科、后勤管理科等科室，干部职工调整和分流到学校行政管理和后勤服务部门，离退休人员划归学校离退休工作处统一管理。2007年11月，学校党委常委会决定，撤销应用技术学院办公室、教务科，原应用技术学院的成人教育、高职教育划归学校教务处统一管理。至此，两院与学校实现了真正意义上的合并与融合，实现了平稳过渡。原两院在职职工待遇实行找缺补差、与学校其他院系职工基本一致，离退休人员待遇也参照学校离退休人员标准核发而大幅上升。
2007年12月，原应用技术学院附属医院更名为重庆医科大学社区医疗中心（大公馆医院）。2011年8月，校长办公会研究决定将重庆医科大学社区医疗中心（大公馆医院）整体并入重庆医科大学附属大学城医院，成为重庆医科大学附属大学城医院大公馆分院。2016年1月，重庆医科大学附属大学城医院大公馆分院整体并入重庆医科大学附属黄水康复医院，成为重庆医科大学附属黄水康复医院大公馆院区。
通过资源整合和深度融合，中医药学院迅速走上了发展的快车道：中医药学院成立后，从2002年起开展本科教育，先后增设中医学专业（中西医结合方向）和中药学专业，2004年获得中西医结合基础、针灸推拿学二级学科硕士学位授权点，开始招收研究生。2006年，增设针灸推拿本科专业，同时将中药学专业和相关师资由药学院划归中医药学院管理，学院管理的本科专业增至3个。2006年，中医临床基础二级学科成为硕士学位授权点；2010年，中医学、中西医结合获批准为一级学科硕士点，涵盖15个二级学科硕士点；2015年，中医学获批准为硕士和博士专业学位授权点。2010年中西医结合临床获得国家中医药管理局重点学科；2011年，中医学、中西医结合两个一级学科获得重庆市重点学科，涵盖全部15个二级学科。师资队伍的职称结构和学历结构有了巨大的飞跃，现有的专职教师46人中，教授9人，副教授26人；博士学位教师14人，硕士学位教师21人；博士生导师1人，硕士生导师17人。2011年，重庆医科大学中医药实验教学中心荣获“重庆市实验教学示范中心”，中医学专业获得“重庆市特色专业”；2012年，《中医文化学》获得“国家网络视频精品课程”；2013年，重庆医科大学中医药文化中心荣获“重庆市科普教育中心”。通过近十年的发展，中医药学院在学科专业、师资队伍与人才培养、教学及科研等方面都取得了长足进步，在校本科学生已达2614人，硕士研究生近100人。（五）规范和加强后勤管理，建设节约型校园
2005年，针对后勤社会化运行中出现的问题，学校调整了后勤管理工作的体制机制：一是撤销后勤集团及其下设机构建制，其职能整体划转后勤管理处，后勤管理处下设水电管理科、物业管理科、学生社区管理科、车辆管理科、膳食科、附属小学、幼儿园；二是按照学校财务“收支两条线”管理规范，将后勤服务所有财务纳入学校财务处统管，所有营业收入统一上交学校；三是精简冗员，通过辞退临时工、调整机构及工作人员，将后勤员工由原来的500人精简为139人；四是学校与膳食科签订目标管理协议，按照绩效优先原则，确立了学生膳食管理的基本架构，膳食科自行承担成本费用、自负盈亏；五是实行校园卫生、绿化、超市和土木维修等工作外包服务。2007年，缙云校区投入使用后，学校将新老校区交通车外包给重庆长途运输公司。2008年和2009年，相继撤销了幼儿园、附属小学，相关人员整合到学校行政管理和服务岗位。通过上述措施，大大降低了学校后勤管理成本，同时提高了后勤服务的效能。
为规范水电管理，降低办学成本，2007年，学校制定《重庆医科大学水电定额管理制度》，明确水电维修范围，各院系部处水电额度内使用的要求，改变了以往水电维修职责不明、费用承担主体不清的情况。2009年，将水电考核纳入院系部绩效考核范围，进一步加强了水电管理。2010年以来，学校先后3次通过申请中央财政专项资金1000万元，对袁家岗校区和缙云校区进行电力增容改造工程、袁家岗校区给水管网改造工程。获得住房与城乡建设部180万元专项资金支持，建立了全校水电能耗监测平台，对全校一、二级水电表及用能情况进行远程监控，进一步提高了学校水电管理水平。2011年，制定了《袁家岗校区科研用房管理规定》，明确科研用房按面积及标准每月收取使用费，同时与科研绩效挂钩。这一举措改变了学校长期以来科研用房不收费，造成房屋多占、闲置的情况。2009年，学校荣获全国教育后勤协会“节约型校园建设先进单位”。2014年被评为全国首批“节约型公共机构示范单位”。三、探索现代大学制度，完善内部治理结构（一）认真落实党委领导下的校长负责制
党委领导下的校长负责制是党领导高等学校的根本制度，是高等学校坚持社会主义办学方向的重要保证。近年来，学校按照《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》和《中共中央办公厅关于坚持和完善普通高等学校党委领导下的校长负责制的实施意见》要求，坚持和完善党委领导下的校长负责制，全面贯彻落实党的教育方针，始终确保了学校办学的政治方向。一是坚持党委集体领导原则。
凡涉及学校办学、人才引进、干部选任、党风廉政建设及教职工切身利益等重大问题，均提交党委常委会研究，决策过程强调集体讨论、民主协商。坚持党委集体领导原则，既充分发挥了班子每位成员的智慧和作用，又确保了科学决策、民主决策、依法决策。二是抓好党委“主体责任”落实。
按照党的十八届三中全会关于“加强党风廉政建设，党委负主体责任”要求，明确党组织主要负责人是第一责任人，管好班子，带好队伍，加强领导，严格监督，对党风廉政建设负总责；班子其他成员履行“一岗双责”，对分管领域党风廉政建设负主要领导责任。通过强化职责，敢于担当、主动作为、以上率下，充分发挥了党委主体责任，有力推动了学校党风廉政建设和反腐败工作。三是强化管理体制，严格组织原则。
与时俱进，坚定政治意识、大局意识、核心意识、看齐意识。适时将“两个责任”“一岗双责”“三重一大”“四个全面”和“票决制”等党的政治纪律和政治规矩、组织纪律新规定、新要求纳入学校党政《议事规则》，使之成为班子全体成员共同遵守的行为准则，为强化民主集中制，坚持和完善党委领导下的校长负责制，从政治上、法规上、纪律上提供了保证。四是相互支持，形成合力。
为促进工作，党政主要领导之间注重联系沟通，加强协调配合，逐步形成了重大问题及事项会前沟通的惯例。党委积极支持校长在职权范围内独立行使职权、开展工作。校长维护党委领导，凡重大问题和重要事项，提交党委常委会讨论，并严格执行党委决定决议。党政“一把手”的以身作则，为践行党委领导下的校长负责制带了好头，逐步形成了党政密切合作、相互促进，全校工作“一盘棋”的良好格局。（二）重新组建学术委员会，探索教授治学
规范和加强学术委员会建设，是探索教授治学的有效途径，是完善学校治理结构，建立现代大学制度的重要举措。2014年1月，教育部颁布第35号令《高等学校学术委员会规程》，对高等学校建立和完善学术委员会、探索教授治学提出了明确规定和具体要求。
按照教育部的有关要求，学校于2014年7月启动了重新组建学术委员会有关工作，明确了组建方案和具体要求。2014年12月，学校组织了全校学术委员会委员选举，全校各院系民主推选的138名委员候选人通过差额选举产生65名正式委员。2015年1月25日，重庆医科大学第七届学术委员会召开第一次全体会议，选举黄爱龙教授为主任委员，李剑波、刘恩梅、蒋电明等三名教授为副主任委员，选举尹一兵、王应雄、邓世雄、邓锋、余瑜、罗天友、胡丽娜、钟晓妮、符洲、梅浙川、魏光辉等11名教授为学术委员会常务委员。
2015年11月2日，学术委员会召开第二次全体会议。会议审议并通过《重庆医科大学学术委员会章程（草案）》和《重庆医科大学学术委员会议事规则（草案）》。雷寒校长为全体委员颁发了聘书并讲话，要求学术委员会努力提高学术治理能力，爱护和维护学校学术声誉，站在学校全局和整体利益的高度，公平、公正地行使学术权力，与学校行政相互协调配合，服务学校改革发展大局，努力促进学校学术繁荣。
为进一步完善学术委员会的组织体系，加强校内基层学术组织的建设，规范学术管理，2016年3月，学校启动校内二级学院学术委员会（教授委员会）调整组建工作。到2016年5月底，16个二级学院的学术委员会（教授委员会）全部调整组建完成。
学术委员会的重新组建和顺利推进，不仅有利于充分发挥学术委员会在学校的学术事务管理与决策中的作用，进一步推动学校的学术繁荣与发展，更为进一步完善学校内部治理结构，健全现代大学制度奠定了坚实基础。（三）推进民主管理，完善教职工代表大会制度
教职工代表大会，是学校教职工依法参与学校民主管理和监督的基本形式。2011年12月，教育部颁布《学校教职工代表大会规定》，明确了学校教职工代表大会的定位、权力、组成规则、工作机构和运行规则等方面的要求。根据教育部的有关要求，为了加强教代会工作，促进学校民主管理与民主监督，2012年6月学校顺利召开第五届教职工代表大会，完成了教职工代表大会的换届工作。同时学校按照《高等学校教职工代表大会暂行条例》（教育部第32号令）的要求，于2014年5月修订了《重庆医科大学教职工代表大会条例》，制定了《重庆医科大学二级教职工代表大会（教职工大会）工作暂行规定》，为学校和二级单位的教职工代表大会运行提供了依据和制度保障。教职工代表大会换届以来，每年召开一次代表会议，听取工会工作报告、校长工作报告、财务报告和重大经费的使用情况，审议学校重大事项。教代会休会期间，教代会代表积极参与学校重大事项决策、听取学校领导述职述廉报告等，切实保障了广大教职工的知情权，也履行了教代会的监督职能。（四）制定学校章程，探索现代大学制度
大学章程是现代大学制度的标志和载体，是大学实现依法治校的基础，对完善大学内部治理结构，规范内部治理行为，推动高校改革发展具有重要意义。
2012年1月，教育部发布《高等学校章程制定暂行办法》（教育部令第31号），2014年教育部办公厅印发《关于加快推进高等学校章程制定、核准与实施工作的通知》，要求高校加快推进章程制定工作，以章程建设推动高校综合改革。根据教育部和重庆市教委有关部署，学校积极开展章程制定工作。
2014年6月，学校启动章程起草制定工作，由教育研究与发展规划处牵头，会同党委办公室、校长办公室、教务处、研究生院、科研处、学生处、人事处等相关职能部门共同研究起草制定学校章程草案。相关职能部门在认真学习《高等学校章程制定暂行办法》的基础上，围绕章程制定总结学校办学历史经验，并对2014年教育部核准的40多所部属高校的大学章程进行了深入分析和研究，结合学校办学实际确定了《重庆医科大学章程》的框架结构，启动草案文本的制定工作。2015年11月，《重庆医科大学章程（草案）》文本起草完成，并在职能部门、学校领导、教职工代表中反复征求意见和经过反复修改，不断完善。
2016年3月9日，党委常委会和校长办公会审议通过《重庆医科大学章程（申请核准稿）》，同意报送重庆市教委核准。学校章程包括序言和正文两部分，全文共计11 000余字，分为十一章九十条，即总则，学校与举办者，教职工，学生，学校治理结构，内设机构，附属医院，经费资产和财务管理，学校与社会，标识系统与校庆日、附则。章程总结了学校的办学经验、凝练了办学理念，细化了办学自主权，结合学校的发展定位和办学目标，理清了内部关系，首次对学校与附属医院的关系做了原则性规定，并在组织结构、管理机制等方面为学校推进综合改革提供了制度支撑和发展空间。第二章 开创办学新格局
2006—2016这十年，是学校基本办学条件提档升级、大幅度改善的十年。经历前50年的发展，特别是伴随1998年以来国家高等教育规模的扩张和经济社会的迅速发展，学校办学规模不断扩大，有限的办学空间和临床教学资源已经远远不能满足人才培养、科学研究和社会服务的需要，原有的格局亦逐渐不能适应学校发展的需要，成为严重制约学校进一步发展的瓶颈。面对发展困境和新的形势，学校领导班子高瞻远瞩，再度谋篇布局，描绘未来发展远景，带领全校干部职工克服重重困难，开展自建校以来的第二次创业。通过拓展新校区、新建和划转附属医院，夯实信息化基础，极大地改善了学校的办学基础条件。以新校区建设为起点的第二次创业，从办学空间、附属医院、信息化建设等方面，开创了重庆医科大学办学的新格局。一、建设缙云校区，破解办学困境①
1956年，重庆医学院创建时选址在袁家岗，校园占地385亩，其中职工住宅区占地约100亩，教学区占地280亩。到2005年，校舍建筑面积250 000平方米，在校学生规模22 000人。办学条件明显不足，生均办学指标远低于国家标准。狭小的校园、简陋的宿舍、拥挤的食堂，严重制约了学校的发展。由于学校地处重庆市渝中区，周边已无发展空间，校园土地面积严重不足已成为学校事业发展必须解决的突出矛盾，重新征地筹建新校区成为学校发展的迫切任务。①1亩≈666.7平方米（一）曲折漫长的征地工作
2003年3月，重庆市决定在沙坪坝区西部虎溪镇（现为虎溪街道）、陈家桥镇（现为陈家桥街道）、曾家镇一带规划3万亩土地建设大学园区，定名为“重庆市大学城”。为了顺应建设重庆大学城的趋势，有效综合利用资源，拓展良好的学校发展环境，学校经过多方评估，最后决定新校区落户在巍巍歌乐山和连绵缙云山麓之间的重庆大学城，选址于大学城中路北段。9月8日，重庆市副市长黄奇帆主持召开“大学城建设领导小组第二次会议”，确定重庆医科大学在大学城的建设用地规模为2300亩（《重庆市办公厅关于重庆市大学城规划建设有关问题的会议纪要》，2003-181号）。12月16日，学校党委常委会研究新校区建设工作，决定新校区定名“重庆医科大学缙云校区”。
2004年4月，国务院下达文件，加强土地管理、控制基本建设规模，严格金融管理，暂停半年农用地转非农建设用地的审批，缙云校区建设工作仅能进一步完善规划设计、准备单体设计的前期工作。2004年9月，重庆市政府办公厅发出《关于加快重庆医科大学发展有关问题的会议纪要》（市政府专题会议纪要，2004-189号），明确指出：“鉴于重庆医科大学现有校园面积无法适应学校发展需要，支持其在重庆大学城建设新校区；大学城新校区建成后，现校址作为研究生院继续保留。重庆医科大学要尽快完善大学城新校区建设的相关手续和各项前期工作，力争在2004年11月新校区基建项目开工，2006年入住新生。”
2005年3月，学校取得调整后的缙云校区《建设工程选址意见书》，批准建设用地面积为1972亩，加上为市政道路的贡献，实际征地面积为2116亩。国家有关土地审批工作已于2004年11月解冻，但管理更加严格，大学城征地由政府统征改变为建设单位按项目自行办理征地手续。由于省级政府审批土地权限只有70公顷（1050亩），因此缙云校区征地分三期报件（第一期764.79亩、第二期630.84亩、第三期402.52亩），政府已统征土地约318亩待划拨。同时，由于国家整顿土地市场，土地价格大幅度上涨。2003年11月学校与沙坪坝区的协议价格为7万元/亩（包干），2005年初已上涨到12万元/亩。经学校反复争取、市政府和市领导多次协调，2005年11月，沙坪坝区正式确认学校缙云校区土地价格为8.75万元/亩。
2005年11月，学校进一步调整和充实了缙云校区建设领导班子和工作机构，雷寒校长任建设领导小组组长，邓世雄副校长任指挥长，领导小组下设指挥部办公室、工程部。学校明确要求加快缙云校区建设，实现2007年9月入住学生的目标。
2006年4月30日，学校取得全部征地批文，直到2009年5月，沙坪坝区征地办向学校移交缙云校区全部土地，缙云校区土地管理权全部归属学校。2010年8月，学校取得缙云校区“房地产权证”。（二）克服重重困难，顺利完成一期工程建设
缙云校区建设初期，学校面临资金紧缺和时间紧迫两大困难。2004—2006年，学校资产负债率很高。2003年、2004年学校教育事业收支结余分别为-1497万元、-373万元，在学校尚未开始新校区建设时已有银行贷款余额2.46亿元，资金利息压力巨大。随着新校区征地费用的支付，学校债务进一步加大，建设资金严重匮乏。2005年，重庆市教委出台《重庆市老校区置换暂行办法》，允许入住大学城的高校全部或者部分置换老校区土地，筹措新校区建设资金。借此机遇，学校决定启动土地置换工作。原重庆市中医校、重庆职工医学院先后并入重庆医科大学，学校接收了重庆市中医校教学区土地两宗和原重庆职工医学院教学区土地一宗，合计153.2亩。由于上述3个教学区位置分散，面积较小，不便学校整体利用。经与市地产集团和十余家房地产开发商进行土地出让的接洽和谈判，原重庆职工医学院教学区106.39亩土地（九龙坡区文化七村50号）以“联合开发”的方式，由学校提供土地、重庆聚金公司开发“万佳苑”住宅小区，学校获得2.65亿元人民币收益及职工团购198户住宅的优惠。原中医校地块（九龙坡区西郊支路18号，约36.35亩）由学校协助市地产集团完成招、拍、挂，申报费用减免，协助拆迁等，学校获得资金1.65亿元人民币。上述两宗土地共置换资金4.3亿元，有力地支持了缙云校区一期工程建设。
除利用老校区土地置换资金外，为解决建设资金缺口，学校积极探索BT投资模式（Build Transfer，建设—移交）推进新校区建设。2006年，经学校申请和争取，重庆市发改委批准学校缙云校区一期工程建设采用BT融资和邀请招标的方式招标施工单位。通过BT投资模式，以时间换资金，学校得以顺利推进新校区建设。此外，学校将墙地砖、屋面瓦、配电箱、灯具等诸多建筑材料和门窗安装工程等配套子项实行甲方供货和甲方分包，节省了建设成本，有效地推进了建设进程。
为早日实现入住学生的目标，学校在漫长的征地过程中，边征地边开展规划设计和建设手续的完善。2005年4月，浙江大学建筑设计研究院中标承担缙云校区概念规划设计任务。11月，缙云校区建设详细规划通过了重庆市规划局评审。2006年5月，重庆医科大学缙云校区一期建设项目建筑设计方案通过重庆市规划局审查，机械工业第三设计研究院和中煤国际工程集团重庆设计研究院（现称中煤科工集团重庆设计研究院有限公司）承担施工设计。
2006年9月7日，缙云校区一期工程如期动工。9月18日，重庆医科大学缙云校区建设工程奠基仪式在生命博物馆建设工地举行，标志着重庆医科大学缙云校区正式开工建设。但是征地拆迁进展缓慢，原住农民频繁阻工，土石方工程施工期间，累计阻工达40余天，最长连续阻工长达7天。因此，一期工程在边等拆迁边施工的情况下进行，直到12月底，部分房屋基础施工才得以启动。为快速推进一期工程房屋建设，缙云校区建设指挥部和工程总承包方紧密配合，多项目同步施工、多专业联合协作、多区域齐头并进。到2007年8月底，一期工程的生命博物馆、教学楼、实验楼、学生公寓、学生食堂、体育馆、风雨操场等所有房屋建设工程全部完工并交付学校。短短一年的时间，在干部职工共同努力下，学校低成本、高标准地完成了缙云校区一期工程建设任务，其建设体量相当于学校过去50年建设面积的总和。
2007年9月1日，缙云校区正式投入使用，首批入驻的有缙云校区管委会直属部门、实验教学管理中心、校团委、学生部门10个学生工作办公室，以及中医药学院和应用技术学院，首批入驻师生1178人。10月8日，缙云校区迎来2007级本科各专业新生3700余名。10月10日，学校在缙云校区厚德广场举行了缙云校区开校启用庆典。（三）完善后续工程和配套项目，支撑缙云校区发展
一期工程建设完成后，学校在推进校园教学、实验基础条件建设的同时，积极规划建设职工住宅和附属医院，以支持缙云校区的发展，实现学校本科教育重心从袁家岗校区向缙云校区转移。
为进一步完善缙云校区的相关办学条件，满足后续新生入驻的需要，学校开始筹备缙云校区后续新的建设项目，2007年下半年启动第二批学生公寓项目建设，包括7栋学生宿舍、1栋院系楼和1栋临时工宿舍。2009年学校启动行政中心、信息资源中心、会议中心、游泳馆的前期规划工作。2012年，国家发展和改革委员会和教育部联合组织实施“中西部高校基础能力建设工程”，在中西部地区计划支持100所左右本科高校，重庆医科大学成为该工程支持建设的高校之一，获得中央财政资金支持1.1亿元。根据国家有关要求，学校在不改变“信息资源中心”结构设计的情况下调整其使用功能，增加了教学、实训等功能，同时更名为“网络与临床技能教学中心”。该中心成为学校历史上单体建筑获得国家资助最大的项目。2012年9月，3个中心和游泳馆建设项目正式开工，并先后于2015年和2016年完工。
缙云校区投入使用后，每年有近4000多名本科新生入住，但绝大部分教职工在下班后仍需返回原居住的城区，给学生教育和管理带了不便，既不利于学生的成长，也不利于缙云校区发展。为解决这一问题，2007年4月，学校启动缙云校区教职工住宅建设前期准备工作。重庆市教委、沙坪坝区政府先后同意学校在大学城校区建设教职工经济适用房。2008年9月，学校启动了住宅申购登记工作，通过征求意见和反复讨论，学校确定了《缙云校区职工经济适用住房选房排序方案》，10月20日，开始申购登记，截至12月5日，校本部共有985人登记。2008年12月至2009年3月，学校经过反复核查，并对缙云校区建设职工住宅申购排序进行了三榜公示，最后确定了申购人员和申购顺序。根据教职工申购情况，学校研究决定建设1481套住房（包括预留的引进人才住房）。在广泛征求教职工意见的基础上，学校设计了6种面积户型，并于2009年5月16日、17日两天完成申购职工选房登记。2009年6月缙云校区职工住宅建设工程正式启动，2012年12月全面通过竣工验收。2013年3月完成职工住宅销售合同“网签”工作，8月正式交付职工。截至2016年6月，已入住业主500余户。宽敞大气、生态环保、设施完备、配套齐全、安静优美的“湖岸家园”，既是学校给予教职工最大的福利，更是广大教职工在新校区安心工作的基础。教职工住宅项目历时3年顺利完成，为实现教学工作重心转移、促进缙云校区健康发展提供了重要保障。
缙云校区作为学校主体教学区，从功能需要与地理位置、现实需求与长远发展来看，需要一所高水平的教学医院来支持和保障高质量的医学人才培养。同时，缙云校区所处的重庆西部城市副中心没有一
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