作者：蔡文青
出版社：华文出版社
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喜马拉雅风云试读：
前言
西藏地处中国西南边疆、青藏高原的西南部，北起北纬36°53′，南至北纬26°50′，西起东经78°25′，东至东经90°06′，面积122.84万平方公里，约占全国总面积的八分之一，相当于11个浙江省或33个台湾省的面积。平均海拔4000米以上，是世界上面积最大、海拔最高的高原，素有“世界屋脊”之称。它北临新疆，东北紧靠青海，东面接连四川，东南界云南，南边和西部与缅甸、印度、不丹、锡金、尼泊尔等国接壤，国境线长约4000公里。
西藏，古代为羌、戎地，唐、宋称吐蕃，元、明称乌斯藏，清初称卫藏，藏语为唐古忒，别称图白忒、土伯特等。早时对西藏的称谓泛用“西边”、“西方”、“西路”。“西藏”一词最早见于清康熙二年（1663年）《平定西藏碑》和果亲王的《西藏记》，此后西藏之称不绝于册，西藏之名由是固定，一直延续至今。西藏的中东部地区称卫（即前藏），中西部地区称藏（即后藏），西北部地区称阿里，东南部地区称喀木（即工布和塔波，工布以东为昌都地区）。过去由于重山阻隔，交通极为不便，阻挡了大多数人的脚步，也遮住了人们探索的目光，使西藏在中外人士眼中成为一个扑朔迷离的神秘世界。
雪域高原是藏民族的发样地和主要聚居区。藏族，自称“博巴”。藏语的“博”，是西藏的地名，“巴”是人的意思，合起来就是西藏人。藏民族是以最初的雅隆部落为核心，经过几个世纪的发展、扩张、征服和融合，最终把众多部落和部族融合成了一个整体，形成一个多元化的统一民族。藏族分布在西藏各地，成为人口最多的民族。除藏族外，西藏还有门巴族、珞巴族、夏尔巴人等多个民族。在伟大祖国的历史长河中，西藏人民创造了灿烂的文化和悠久的历史，为开拓和捍卫祖国的西南边陲作出了伟大贡献。
据地质工作者的勘察和研究证实，以西藏为主体的青藏高原远古时是一片浩瀚的海洋。在广泛流传的藏族民间故事中，就有这么一个关于喜马拉雅山区的传说：很早很早以前，这里是一片无边无际的大海，岸边森林中长满各种奇花异草，生活着各种飞禽走兽。有一天，海里突然来了一条巨大的五头毒龙，搅起万丈波浪，森林里的飞禽走兽，都预感到大难临头。它们往东逃，东边森林摧毁，草地淹没；它们又拥到西面，西边也是乌云蔽日，狂涛骇浪。正当大家走投无路之时，突然大海的上空飘来五朵彩云，变成五位慧空行母。她们施展无边法力，降服五头毒龙。妖魔被征服了，大海风平浪静了。众慧空行母告辞大家欲回归天庭，生活在这里的众生灵苦苦哀求，要求她们留在人间为众生谋福利。仙女慈悲，便留了下来共享太平。她们喝令大海退去，东边变成茂密的森林，西边是万顷的良田，南边是鲜艳的花园，北边是辽阔的牧场。五位仙女则变成喜马拉雅山脉的5座主峰：即翠颜仙女峰、祥寿仙女峰、贞慧仙女峰、寇咏仙女峰、施仁仙女峰，屹立在西南部边缘之上，守卫着幸福的乐园。为首的翠颜仙女峰，便是珠穆朗玛峰。“世界屋脊”气势磅礴，景象万千。其间，绵亘着众多巨大的山脉，地势总的是由西北向东南倾斜，海拔从平均5000米以上逐渐降到4000米左右。在高原的上方，喜马拉雅山脉、冈底斯山脉、唐古拉山脉、昆仑山脉，都是东西走向，一排排成横行队形，构成高原的主体。在高原下方，伯舒拉岭山脉、他念他翁山脉、宁静山脉，都是南北走向，一排一排成纵列队形，这就是有名的横断山脉。多种多样的地形地貌，构成西藏高原自然条件的复杂性和自然资源的丰富性。星罗棋布的湖泊群是世界上海拔最高、范围最广、数量最多的高原湖泊区。纳木湖、羊卓雍湖、奇林湖和玛珐木湖，是高原上四大湖泊。湖中盛产鱼类，湖边是良好的牧场。西藏是中国的五大牧区之一，在藏北坦荡的草原上，成千上万只牛羊如片片云朵，浮现在山岗；高原东南部横断山脉地区有茂密的森林，伴随着森林的生长，各种野生动植物应有尽有；藏南谷地和金沙江、澜沧江、怒江三江流域是西藏的主要农业区，充足的光照使西藏成为中国麦类作物的最高产区，冬小麦、青稞分别可达到亩产871公斤和612公斤的高产。
西藏的战略地位十分重要。它是中国水资源完整性的重要源头和重要矿产、能源持续基地。西藏巨大的冰川和高海拔使它拥有世界上最大的水系。高原上奔流着无数湍急的河流，亚洲许多著名大河，如长江、湄公河、萨尔温江、伊落瓦底江、恒河、印度河等发源于或流经这里。在亚洲的大河中，只有恒河发源于印度那一侧的喜马拉雅山。这些河流是世界上人口最多的两个国家——中国和印度的生命线，也是孟加拉国、缅甸、不丹、尼泊尔、柬埔寨、巴基斯坦、老挝、泰国和越南的生命线。这些国家的人口数约占全球人口的47%。雅鲁藏布江在西藏境内全长2057公里，像一条银色的巨龙，蜿蜒前进，从海拔5300米的喜马拉雅山北麓发源，注入印度洋的孟加拉湾。怒江、澜沧江咆哮于高山深谷之中，水流湍急，两岸多石滩。怒江在西藏境内长1393公里，为西藏第二大河。大河支流众多，拉萨河、年楚河、尼洋河等分布全区各地。
由于自然、历史等原因，西藏目前仍欠发达，但它是个坐落在财富之上的地区。它拥有非常丰富的水力、太阳能等能源和地下矿藏，总资源的开发现在还不到0.1%。西藏南部和东南部地区的河流水量充沛，水流急，落差大，蕴藏着极为丰富的水力资源。西藏水力资源理论蕴藏量达17640亿千瓦时，居全国首位；技术可开发装机容量11000万千瓦时，居全国第二位。2020年以后，中国能够提供能源输出的省份将越来越少，藏电外送具有广阔的市场空间。此外，西藏的太阳能、风能资源也十分丰富。由于海拔高，空气干燥，大气透明度好，云量少，加之日照时间长，纬度低，使西藏的太阳年辐射量达每平方厘米140千卡至240千卡，是中国东南沿海地区的一倍以上。太阳能资源仅次于终年酷热的非洲撒哈拉大沙漠，居世界第二位。
历史上曾经有许多国外的政治家和资本家都对西藏的矿藏资源虎视眈眈。西藏和平解放以后，新中国的专家们不断对其资源进行勘探和研究，全区已发现1800多处矿产地。西藏的铬、铜、硼砂、锂、菱镁、硫磺、刚玉和白云母等17种矿藏储量居全国前9位。铬矿产量占全国90%以上，铜的远景储量已居全国第二位。在有色金属和稀有金属矿中，锂被人称为“金属新贵”，西藏的锂远景储量居世界前列，是中国锂矿资源基地之一。在非金属矿中，西藏的硼砂、菱镁储量大、分布广，已探明的储量在全国名列第三位。长期以来，由于开发成本过高，丰富的矿藏一直难见天日。青藏铁路的建成和开通，为解决西藏恶劣环境下长距离运输造成的高运价、高损耗和低效率问题创造了条件，并随着大量新矿藏的发现，西藏最终将成为中国采矿的新领域。
近百年来，西方列强千方百计地企图破坏中国在西藏的主权，侵占中国的这块领土。近代史上的所谓“西藏问题”、“西藏独立”，都是帝国主义者所制造的阴谋。他们至今仍对自己所垂涎三尺的西藏回到中国各民族大家庭中，耿耿于怀，于是利用十四世达赖喇嘛不停地制造事端。他们将达赖喇嘛包装成“非暴力主义者”、“人权卫士”，妄图利用民族、宗教、人权等问题，将“西藏问题”国际化，为达赖集团分裂活动提供国际支持。
我于二十世纪七十年代中期从福建厦门大学毕业支援边疆建设，在雪域高原生活了十四个春秋。今年是西藏和平解放60周年，我作为曾参加过西藏党史资料征集工作的“西藏人”，回顾解放军进藏部队为和平解放西藏、平息叛乱、保卫西南边陲所走过的光辉历程，心潮澎湃，为祖国的英雄军队感到无比自豪。进藏部队在西藏高原严酷条件下，为了年轻共和国领土的统一和尊严，所付出的艰辛永久载入人类史册。以第18军等五六十年代进藏部队指战员为代表的“特别能吃苦、特别能战斗、特别能忍耐、特别能团结、特别能奉献”的“老西藏精神”，是高过雪山的无形丰碑，是中国人民的宝贵精神财富。
对于这段历史，由于种种原因对外宣传比较少，渐渐地被人们淡忘了。但对于共和国来说，是永远不会忘记，也不该忘记的。《喜马拉雅风云》是一本汲取众多史实，特别是各家回忆录第一手材料汇编而成的，受到条件所限，尽管我做了最大努力，史料的准确性仍有遗憾之处，敬请各位专家不吝赐教。如果广大读者能够从我的书中得到一点启示和借鉴的话，我会无比欣慰。蔡文青二〇一一年五月二十日
第一章 清朝五次用兵
西藏与祖国内地关系源远流长
生活在青藏高原的藏民族还处在原始氏族部落时代，便与中原地区的民族有交流往来。七世纪初叶，名王松赞干布（弃宗弄赞）继承父亲朗日论赞的事业，统一了西藏高原，正式建立了吐蕃王朝。因唐朝繁荣强盛，驰名中外，吐蕃王朝和唐朝通过王室间的通婚，成了亲密的舅甥。公元641年，唐太宗以宗室女文成公主嫁给松赞干布。公元710年，唐中宗以养女金城公主嫁给吐蕃赞普赤德祖丹。赤德祖丹在给唐朝的上表中说：“外甥是先皇帝舅宿亲，又蒙降金城公主，遂和同一家，天下百姓，普皆安乐。”这生动地说明了唐朝与吐蕃亲如一家的政治关系与民族关系。
由于通婚，两位公主的大批随从官员、工匠，久居西藏，与藏族相融洽。随带的大批工艺典籍、日常生活用品和粮食、蔬菜等农作物种子，对发展西藏经济、文化起了重大的推动作用。文成公主深受藏族人民的崇敬和爱戴，他们给文成公主起了一个藏名错益白母（意为莲花），表示美丽而纯洁。为了纪念文成公主，在雍布拉康、昌珠寺、大昭寺、小昭寺和布达拉宫等许多宫殿和寺庙内都供有文成公主的塑像。藏族人民日常生活中许多重要事物，据说都是文成公主时代由内地传入西藏。直到今天，藏族人民中间仍然广泛流传着许多有关公主的动人故事和诗歌。
吐蕃王朝崩溃之后，西藏长期陷于分裂割据局面。此时中国内地也处于五代十国的封建割据时期，但是割据与混乱并不曾割断汉藏两族的密切来往。内地由于宋朝的建立而实现了统一，宋朝与西藏的各个地方政权之间仍然保持着政治、经济和文化等方面的密切关系。秦凤路沿边的一些藏族向宋朝入贡并“献地内附”。西凉府一带的折逋氏历代首领都由宋朝任命，授予封号。藏族各割据势力中最为强大的角厮罗，执政凡50年始终和宋朝保持着极为密切的关系。他的子孙继承者董毡等，世世代代都由宋朝任命官职。宋朝与西藏各个地方政权使臣来往频繁，尤其是汉藏两族的贸易往来更为突出，西藏的马和珠宝等特产输入内地，汉地的茶叶、布帛等物大量运到西藏。通过贸易，汉藏人民之间的友好关系得到进一步发展。
十三世纪初，蒙古各部落在成吉思汗统治下在北方兴起。从1209年到1279年间，成吉思汗及其后继者先后灭掉了西夏、金和南宋，统一了中国，把各族人民统一到强大的中央政权之下。公元1206年，蒙古军队首次进入藏北地区，一部分西藏地方的首领集合各级官吏，决定向蒙古臣服。随后成吉思汗的孙子阔端与西藏地方更有实力的萨迦派宗教首领们作了进一步磋商，这时的蒙古汗王已经充分认识到吐蕃地区的战略地位所具有的重要性。1253年萨迦班智达·贡噶坚赞在阔端的召请下，携侄子八思巴赴甘肃武威，代表西藏与蒙古汗王达成了协议。西藏地方接受蒙古皇帝所规定的地方行政制度的基本办法，包括接受元朝委派的萨迦派税吏、武官和文官管理西藏的一切事务；西藏的在职诸官吏，仍留居原职不变，但须造册开列官吏之名、各地俗众人数及所应纳贡之数目等。从此，西藏归入元朝版图，使西藏百年来的割据混乱状态得以结束，统一于元朝中央管理之下。
元朝初创之时，成吉思汗及其子孙视天下为家族私产，将吐蕃之地分封诸王为封地。1260年阴历三月元世祖忽必烈称汗以后，全面改革蒙古国旧制。
忽必烈从元朝在吐蕃根基已稳的现实出发，在西藏地方废除分封制，建政立制。忽必烈在中央设立总制院，管理全国的佛教事务和藏族居民政权事务，封萨迦派宗教领袖八思巴为国师，同时授予其全国佛教领袖的头衔和管理藏族地区事务的权力，西藏地方出现了政教合一的新政体。西藏地方“设官分职而领之于帝师”，“帅臣之下，亦必僧俗并用，军民通摄”。忽必烈还委托八思巴创制蒙古新字。八思巴携以藏文字母为基础的新字来京，忽必烈即将新字颁行天下，这就是后人所说的“八思巴文”。八思巴以后，历代帝师都是由元朝皇帝任命，作为中央朝廷的一员命官，执行朝廷的命令，管理政事。
1288年，忽必烈下令改总制院为宣政院，凡吐蕃地区的重大事务，如重要机构的设立、军事措施的制定等都由宣政院决定。秩从一品将宣政院的地位与中书省、枢密院、御史台平级。根据唐朝末年以来原吐蕃王国辖地分裂成为几大部分、互不统属的情况，在宣政院下分设吐蕃等处宣慰使司都元帅府，管理西北藏族地区；吐蕃等路宣慰使司都元帅府，管理西南藏族地区；乌思藏、纳里·速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，管理卫、藏、阿里等地。元朝三次清查吐蕃户口，根据户数确定贡赋数量，在前、后藏设立十三万户府，统一管理地方军民政教事务。万户长作为一名基层官吏，也由朝廷直接委任。同时元代将刑法、天文历法颁行西藏，并在各藏族地区设驿站、军站，派军队驻扎在各战略要地。
1368年，朱元璋凭借农民起义，推翻元朝，建立明朝。明朝统治的近三百年间，继元朝实施对西藏地方的管理，进一步加强了西藏地方和明朝中央政府的关系。明朝中央先后取消了元朝宣政院统管下的藏族地区三个“宣慰使司都元帅府”，推行军卫管理并由中央控制的军政体制。1373年，明朝设立州卫指挥使司，管理西北藏族地区；设立朵甘卫指挥使司，管理今西藏昌都地区，四川阿坝、甘孜地区，青海玉树、果洛地区；设立乌思藏指挥使司，管理前后藏地区。明朝循旧俗，按不同等级，授予各种官职，使其“尊朝廷之法，抚安一方”。卫指挥使（正职）由中央派遣，藏族官员任副职，管理当地藏族事务，督领各土司下属的土军、汉藏族官员参治，军政合一。后来随着形势的发展，藏区行政建制又有所变化，但明王朝治藏总的指导思想没有变化，就是将其纳入整个国家的边疆管理体制之内，把内地的，特别是云南、贵州、四川、湖北、广西等少数民族地区的军事管理制度，同样地施行到西藏。
明代继承元朝在西藏采取的政教合一体制，对教派仍然采取扶持、笼络的政策，但一改元朝只推崇萨迦一个教派的政策，而是对具有实力的政教首领和教派领袖，都进行加封，即“多封众建，尚用僧徒”。其目的在于分散各教派的权力，使他们互相牵制，无法独擅大权，以利于明朝中央对藏区的监督和控制。明朝先后封授予了重要的“王”和“法王”，任免法王以下的各级僧俗官员。在对藏族地区僧俗首领的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王，封萨迦派首领为大乘法王，封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子（宣德年间加封为大慈法王）以及封帕竹、萨迦、止贡首领为阐化、辅教、阐教、护教、赞善等王最为重要。其中除大宝法王、大乘法王和大慈法王无一定驻地外，其他阐化王、赞善王、护教王、阐教王、辅教王等五人各有封地，分别统辖一定地区，都直接受明朝朝廷的管辖，统一于明朝。这些受封的宗教领袖与僧俗官员，按新辖户口，年年纳马，作为向明朝政府必须缴纳的贡赋。同时，由政府主持茶马交易。宋朝以来茶马互市，此时形成了一种制度，并在西藏各地设立驿站，居民需贡纳驿马，充当驿夫。
在明代，西藏地方政府和明朝中央政府的关系不断加强，使臣来往不绝，西藏地方的僧俗官吏入京朝贡、请封，有的在朝廷任职。据当时统计，在十五世纪五十年代，西藏到朝廷进贡人数每年大约有300人。到了六十年代，每年多达3000～4000人。为了便于明朝使臣及时到达藏族地区颁布诏敕，也便于各部僧俗头人、使者入京朝贡，明成祖一再下令恢复或新建藏族地区至内地驿站。从明成祖永乐五年（公元1407年）至永乐十二年（公元1414年），在中央政府和阐化王的共同努力下，修通了从雅州至乌思藏的驿站。这样，除了以前由甘肃到乌思藏的旧有驿站外，又开辟了一条新的捷径。
明朝末年的崇德七年（公元1642年），崇信黄教的蒙古和硕特部（清厄鲁特蒙古四部之一，原居乌鲁木齐一带，明末迁徒游牧于青海，主要分布在青海地区）首领顾实汗的力量进入西藏，与西藏黄教首领五世达赖阿旺罗桑嘉措、四世班禅罗桑却吉坚赞合作，击败了黄教几世纪以来的主要敌人噶玛噶举和它的支持者藏巴汗政权，成为青（今青海）、康（今昌都地区）、藏地区的最高统治者。出于政治上的原因，这位蒙古军事首领把最高的宗教权力转让给与他合作的黄帽系的达赖喇嘛，这使得黄教占有超过红教的优势，确立了黄教在西藏宗教界的最高地位。顾实汗认识到清朝势力方兴未艾的趋势，即采取了接纳清朝以其靠山的政策，西藏通过蒙古和清王朝发生了联系。在第悉藏巴汗政权灭亡之前，汗王顾实汗与五世达赖阿旺罗桑嘉措、四世班禅罗桑却吉坚赞商议，共同派伊拉古克三呼图克图（藏传佛教大喇嘛的封号）、戴青悼尔济等，万里迢迢首途盛京（今沈阳），为西藏与清朝交往之始。伊拉古克三呼图克图一行到盛京，皇太极亲自到宫门欢迎，给予了隆重的接待和优厚的赏赐。8个月后，崇德八年（公元1643年）阴历五月，藏使离开盛京，清太宗皇太极派察干格隆等为使，随藏使一同赴藏。
1644年，清朝政府代替了明朝政府，西藏地方同中央的关系进一步加强。1645年，顾实汗派其子多尔济·达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。自此以后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教领袖几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强与中央政权的政治联系，顺治九年（公元1652年），五世达赖阿旺罗桑嘉措率领藏官随从3000人来北京朝见。顺治帝亲自到南苑猎场迎接，设宴隆重款待，赏给金银、珠宝、玉器等大量礼品。达赖喇嘛向清帝贡献马匹与方物，顺治帝一一收纳。达赖留京期间，应邀两次进宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列佛事活动。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。达赖因水土不服，要求归藏。顺治帝批准，仍命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送到代噶（今内蒙凉城）地方。顺治十年（公元1653年）阴历四月，清帝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，并赐金册金印。金册之文，是用满、蒙、汉、藏四种文字书写。达赖喇嘛的封号使得新兴的地方政权通过中央的认可得以巩固。在册封五世达赖的同年，清朝又派官员到西藏册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，授予满、蒙、汉三体写成的金册、金印，让其“作朕屏辅，辑乃封圻”，也就是代表清朝皇帝治理好他所管辖的藏族地区。清朝对达赖及顾实汗的册封，明确规定了西藏同清朝在政治上的隶属关系，以和平的途径将西藏纳入到清朝的版图，使之成为中国不可分割的重要组成部分。
第一次派兵
清朝政府在治理西藏的方略上文武兼备，着力极多。清朝之初的几代皇帝无一不对西藏给予特殊关注，从多方面加强了对西藏地方的治理，其治藏政绩也明显优于元朝和明朝中央政府。在清一代，没有任何一个地区像西藏一样，使清政府不惜兴师动众，用兵频繁，而且不远万里，跋山涉水，重兵入藏。这在历代王朝统治西藏过程中也是比较罕见的。不仅表明了清王朝对西藏拥有主权，也显示了清王朝维护国家统一的实力和决心。
从康熙五十七年（公元1718年）第一次出兵西藏，至乾隆五十六年（公元1791年）第五次出兵西藏，73年间，清政府共出兵西藏五次。其中，两次驱逐准噶尔，一次平定西藏内乱，两次击退廓尔喀人入侵。五次出兵虽然内容不一，但对于安定西藏，保卫边疆，具有十分重要的意义。
顾实汗与五世达赖联合治藏
和硕特顾实汗入据西藏以后，采取了一系列措施，以巩固他与达赖对藏区的联合统治。
1642年正月，顾实汗攻克当时西藏政治中心日喀则城，藏巴汗被俘。为了和硕特在西藏的统治利益，顾实汗除了政治上限制五世达赖外，在宗教和经济方面却给予全力支持。他效法元朝忽必烈对帝师八思巴的供奉，将卫藏十三万户献给五世达赖喇嘛，并把攻破日喀则时获得的大量财物献给达赖。
接着，又下令将前后藏的税收献给五世达赖作为黄教寺院宗教活动费用。阴历三月，他将五世达赖请到此地，举行隆重的献礼仪式。顾实汗特意安排曾代表明代中央政府承认的帕竹政权实施统治达130年之久的仁蚌家族的后代仁蚌巴·阿旺久典参加献礼大典，并向五世达赖喇嘛敬献礼品，意在表明五世达赖喇嘛所代表的格鲁派政权已合法地继承了帕竹地方政权的“正统”统治地位，使格鲁派的政权名正言顺。
史籍记载，对于是否借助和硕特蒙古解决西藏问题，是否承认顾实汗的统治地位上，五世达赖喇嘛的态度经历了几次变化。早在1636年顾实汗来拉萨了解西藏的情况，与格鲁派上层共商大计时，他对格鲁派上层提出的借顾实汗的兵力消灭西藏外围的却图汗、白利土司等极为赞同，但对借助顾实汗的武力解决西藏本土问题慎之又慎。他这一主导思想在日后是否支持顾实汗进攻藏巴汗的问题上表现得尤为突出。战事一开始，五世达赖喇嘛一直处于被动配合的地位，日喀则堡垒久攻不下，顾实汗伤亡惨重，情势对蒙古军大为不利。
当战争进入关键时刻，格鲁派已无退路，五世达赖才一改初衷，下决心配合顾实汗消灭藏巴汗。战争结束后，在顾实汗去留问题上，五世达赖喇嘛审时度势，认为在大局刚刚稳定的情况下，以格鲁派自身的实力，还不足以左右西藏局势。在五世达赖喇嘛的极力斡旋下，保证了政权的平稳过渡，避免了西藏地方由于外族的统治而再次陷入动荡和危机。
五世达赖掌权之后，把西藏社会的政权中心从后藏日喀则迁移到拉萨。随着政治中心的迁移，新兴政权在顾实汗的支持下建立起哲蚌甘丹颇章政权，委任积极主张顾实汗进藏的索南绕丹为甘丹颇章政府的最高执政官——第巴具体主持西藏地方行政的日常事务。
顾实汗深知自己是以保护格鲁派的名义进驻西藏的，抛弃了格鲁派这面旗帜，就等于放弃了自己的统治基础。取得了西藏地方政权以后，他一直采取极为强硬的措施，意在彻底打击噶玛噶举派的势力，摧毁藏巴汗的宗教基础，同时扶植格鲁派成为全藏的首席教派。凡是对黄教进行过迫害和摧残的教派及其所属的贵族的土地和农奴，悉被没收。其中一部分赐给黄教的大小寺院，一部分赐给拥护黄教或对黄教有过贡献的贵族，一部分留作政府直接掌管的财产。这就使西藏的寺院、贵族及地方政府三大领主得到了初步的完善和发展，剥夺了黄教反对者们的经济权利，以巩固黄教的独尊地位。顾实汗还强迫许多压迫、排斥过黄教的其他教派改入黄教，在噶玛噶举等教派僧人的手上打上印记并交给格鲁派寺院管理。顾实汗在占领日喀则后，下令拆除了藏巴汗为挟制札什伦布寺、在附近修建的噶玛噶举派新寺院札什日伦，把其中的木料全部运到拉萨，用以替换大昭寺走廊的旧木料，将其中的佛像等则运到布达拉宫的南杰札仓（藏传佛教僧众学习经典之学校）。
顾实汗还设法平衡黄教领袖间的地位和权力。札什伦布寺座主、四世班禅罗桑却吉坚赞是黄教中颇有影响的又一领袖人物，有很高的威望和一定的势力，五世达赖喇嘛年幼时，格鲁派的许多内外重大事务都是由他来决策。在顾实汗进藏过程中，他与五世达赖及索南绕丹共同策划，起过主谋作用。1645年，顾实汗授予罗桑却吉坚赞“班禅博克多”的尊号。从此，黄教第二大活佛系统——班禅系统正式确立。罗桑却吉坚赞死后，班禅系统活佛转世制度便正式开始。同时，顾实汗将后藏地区封给了四世班禅，作为其供养地，为班禅系统建立了一个强大的势力范围。
噶玛噶举派被顾实汗赶下台以后，长期不甘心失败，召集自己的信徒和施主们一再暴动。拉萨东南部工布地区噶举派喇嘛焚毁当地黄教的曾吉大寺，烧死黄教喇嘛500余人。后藏噶茶、松热林二人起兵占领了后藏南木林宗，后藏哲古坚赞娃起兵占领了后藏仁本宗。班禅向拉萨告急，蒙藏联军支应不暇，只好向青海大本营求援。被激怒的顾实汗誓言消灭噶玛噶举，处死了藏巴汗。随着青海蒙古兵进藏、噶玛巴师徒逃往丽江和藏巴汗的死亡，旧政权灰飞烟灭。顾实汗在平定西藏各地叛乱之后，大部分蒙古骑兵退回青海游牧，但在西藏仍留了8个旗的兵力，在拉萨北部达木（今当雄）草原驻扎放牧。顾实汗本人带了一部分军队，开始驻扎在日喀则宗，后来移驻拉萨。西藏反对势力的活动，给蒙藏僧俗贵族联盟延长了寿命，在相当长的时间内，双方保持着密切友好的关系。
在以顾实汗为首的和硕特蒙古建立对西藏的统治之后，五世达赖以其杰出的才能，利用顾实汗极力倡导黄教的有利条件，对西藏佛教和政治方面进行了许多有益建树。首先，他命令第巴扩建布达拉宫，增修白宫，并移驻布达拉宫，使之成为西藏佛教的统治中心。其次，扩大了自宗喀巴以来的大昭寺默郎木大会规模，借以扩大黄教的影响，征募财富；利用清朝带来的大量赐物，在前后藏建立了十三座大寺，培养大批僧人；他还规定完善了寺院制度，给整个藏区所有黄教寺院规定常年居住的僧人数，由西藏地方政府按僧人数拨给一定数量的田庄和农奴，作为供养寺院的依所；制定了严格的僧规、寺院的组织机构，以及僧官的任免制度、学经制度、僧侣戒律等。五世达赖把甘丹颇章政权的政务交给第巴办理，而他自己则把主要精力投入到宗教事务和经学上。他命令首任第巴索南绕丹在改造藏巴汗时期的十六条法律的基础上，削删制定出新的十三条法律，以维护甘丹颇章政权的统治。五世达赖采取的措施，是在和硕特控制的政治空隙中发展和加强了西藏地方势力，提高了自己的政治地位。
拉藏汗与桑结嘉措的战争
顺治十一年（公元1654年），顾实汗在拉萨病逝，他的儿子和孙子相继嗣位，继承了护法之责。他们的威望远不及顾实汗，在藏也没有什么大的建树，但他们从不愿放弃在西藏的特殊权力和特殊地位。
此前经过顾实汗、达延汗和达赖汗等和硕特汗王的经营，后藏复辟势力已经完全溃败，格鲁派在西藏的地位由此稳固。尽管和硕特蒙古和黄教的联合在达延汗时期尚未出现明显的裂缝，两个统治集团仍能和平相处，但由于此时作为联盟的基础——共同的敌人早已不存在了，联盟的意义也随着黄教的日盛而消失。对以达赖喇嘛为首的寺院领主及其支持者来说，蒙古和硕特人已经完成了历史使命，蒙藏贵族联盟遂由亲密而趋于瓦解，双方对西藏实权的争夺日趋激烈，此时的西藏已是“山雨欲来风满楼”。
藏贵族对蒙古汗的夺权活动，在1671年达赖汗继位前后已开始。1668年初，顾实汗之子达延汗去世后，由其六弟达赖巴图尔行使汗位。是年阴历五月，第巴陈列嘉措去世，由于没有汗，按照汗廷的惯例，第巴之位也空悬了一年。但蒙古汗位久虚，第巴不能不设，于是1669年阴历八月五世达赖乘机任命多桑图道为第巴。达赖汗于1671年即位后只好予以承认。第巴是汗廷最重要的官职，管理西藏的行政事务，以前一直由蒙古汗王选定和任命。任命第巴之权的旁落，是汗权的一大损失，也是双方斗争公开化的开始。
1679年，五世达赖又以其才学兼备的弟子桑结嘉措接任第巴，管理西藏政务。桑结嘉措是藏族史上著名学者和政治家，从小受到五世达赖的宠爱、培养，博学多才，精通“五明”，在历史、文学、医学、天文历算等方面对发展藏族文化作出了卓越的贡献。桑结嘉措在任第巴最初的几年里，与蒙古汗王表面上还能协作。
藏族早在吐蕃武力强盛时，有较为严密的军事建制。为征兵制，三丁抽一，五丁抽二，七丁抽三。十人为什，十什为牌，十牌为寨，五寨至十寨为沟，沟则直属土官。战时，以战死为荣，对懦弱败阵者头系狐尾以示侮辱，为社会所唾弃，故吐蕃之强皆依其军事力量。吐蕃分裂后，军事活动多为部落间的纠纷。元、明以后，因藏众信佛教日深，武力遂不如吐蕃时。
为了增强地方军事力量，第巴桑结嘉措参照吐蕃政权建制和藏巴汗时期的“定”、“措”制，将西藏地方军队分为四大部，以红、黄、蓝、白四种颜色作为各大部军旗颜色。以40至45人为一“定”，24定为一“措”，全西藏共设四个措。部队为军民兼用，每年冬、夏两季集中训练两次。士兵平时登记在册，各自在家务农；遇有战事，集结为伍，执行作战任务。
康熙二十一年（公元1682年），五世达赖阿旺罗桑嘉措去世之后，桑结嘉措与蒙古贵族之间的矛盾激化。此时正值西藏与拉达克战争之际，前线指挥是和硕特蒙古贵族，如果蒙古贵族获悉五世达赖圆寂对桑结嘉措掌权是不利的。为了安定时局，维护自己的权势和统治地位，防止蒙古汗王随时可能发生的夺权事件，第巴桑结嘉措秘不发丧，选择了与五世达赖相貌酷似的帕崩寺喇嘛江阳扎巴，令他穿上达赖的服装，坐在布达拉宫的宝座上，对外宣布五世达赖“入定”，一切事物全由第巴自己处理，独揽大权，匿丧事长达15年之久。
第巴桑结嘉措感到和硕特蒙古人驻兵西藏，事事受到干涉牵制，想将顾实汗子孙逐出西藏，乃借助准噶尔蒙古首领噶尔丹的力量，打击和削弱和硕特蒙古汗王在西藏的势力。
噶尔丹本为一喇嘛，曾经在西藏色拉寺学经，与桑结嘉措是同窗好友。他在五世达赖喇嘛的支持下，还俗返回新疆，杀其兄子篡夺汗位，雄霸天山南北并向外扩张，迫使康熙御驾亲征。噶尔丹和桑结嘉措常有信使往来，与桑结嘉措勾结，进攻青海，使顾实汗子孙所统治的青海和硕特部受到很大损失，顾实汗子孙在西藏的统治威望也大大降低。当噶尔丹与清军交战时，清廷遣使赴藏，请五世达赖说服噶尔丹降清。第巴桑结嘉措表面上以达赖名义按清廷旨意办理，并上书请求清政府封自己为藏王，实际上却暗中支持噶尔丹与清军交战。
桑结嘉措在与蒙古贵族争权中与反叛清朝的势力联盟，势必受到追究。
康熙三十五年，康熙帝亲征准噶尔，获得桑结嘉措与噶尔丹来往信件，并从俘虏的西藏人口中得知五世达赖已去世多年的消息，乃致书第巴桑结嘉措严厉责问。桑结嘉措对康熙皇帝的责问一一作了辩解，并上奏达赖喇嘛转世灵童已经15岁，准备第二年坐床，在此之前请朝廷保密。当时清朝对西藏采取因俗而治、因势利导、以不生事为贵的政策，只好承认既成事实，不仅为他保密，还承认了达赖喇嘛转世灵童的合法性。
康熙三十六年（公元1697年），第巴桑结嘉措公布五世达赖之丧，同时宣布自己择定的仓央嘉措为转世灵童，正式坐床，称六世达赖。这件事引起和硕特蒙古在西藏的汗王拉藏汗（顾实汗之孙）强烈不满。他精明能干，继位后并没有像第巴桑结嘉措设想的那样满足于徒有虚名的汗号。拉藏汗认为这是第巴桑结嘉措玩弄阴谋，扶植傀儡，排挤自己在西藏的势力。新立的六世达赖仓央嘉措虽才华出众，却十分厌倦布达拉宫里清教徒式的禁欲生活，不是虔敬的佛教徒。拉藏汗视仓央嘉措为假达赖，向清廷上报他“行为不端”。蒙藏统治阶级争权夺利斗争到了公开化程度，彼此制造事端，尖锐地对立起来。1703年拉萨传昭大法会期间，拉藏汗借题杀了桑结嘉措的几个亲信，挑起事端。在这种情况下，第巴桑结嘉措萌生了谋杀拉藏汗之念。拉藏汗被下毒，经治疗好转，到达木疗养。
康熙四十三年（公元1704年），拉藏汗率兵从其在藏北的驻地进军拉萨，幸三大寺（甘丹、哲蚌、色拉）的代表和安多地区的高僧、拉藏汗的经师嘉木样协巴（甘南拉卜楞寺的创立者，即为该寺嘉木样一世活佛）等努力调解，达成协议。规定拉藏汗撤回青海，第巴桑结嘉措退位，由他的儿子继任第巴，双方脱离接触，但矛盾并未解决。双方相持一年之后，康熙四十四年（公元1705年），拉萨传昭大法会期间战端又起。嘉木样协巴及三大寺上层僧侣再度调停，双方在五世达赖灵塔前达成协议，决定拉藏汗退回青海，桑结嘉措退回山南，以脱离正面接触的办法来缓和矛盾。其实双方都没有遵从的意图，都把协议作为自己的缓兵之计。拉藏汗假装返回青海，但到喀喇河后便停下来，积蓄力量，准备与桑结嘉措决一死战。桑结嘉措也未退出拉萨，而是在拉萨城内调兵遣将，积极备战。
1705年阴历六月，拉藏汗突然率军进攻拉萨，使桑结嘉措措手不及，黄教领袖五世班禅和三大寺又进行紧急调停，决定桑结嘉措居住贡噶寺，而把政治权力交给拉藏汗。由于他们的矛盾已不可调和，调停遭到失败。拉藏汗从藏北达木带领三路军队分别从果拉（在拉萨北，今称彭波果拉山）、盖莫昌（拉萨东拉萨河畔）及堆垅（拉萨西之堆垅河畔）三地攻打拉萨，双方主力在拉萨城以北的果拉山口展开了决定性的一战。桑结嘉措统率的藏族民兵挡不住拉藏汗蒙古骑兵的凌厉攻势，死伤众多，全线崩溃。拉藏汗占领拉萨，桑结嘉措兵败后逃往贡噶被擒，送至拉藏汗的王妃才旺甲茂军前。拉藏汗的这位王妃毫不手软，在擒获桑结嘉措的当天（即1705年阴历七月十七日），在堆垅的襄孜地方将他杀死。
拉藏汗执杀第巴桑结嘉措以后，积极同清朝修好。当年，拉藏汗向清廷陈奏事变缘由。清廷对拉藏汗表示赞赏，康熙四十五年十二月（公元1707年初）封其为“翊法恭顺汗”。康熙帝对第巴桑结嘉措操纵西藏实权早就忧虑已久，但限于客观条件又无可奈何。拉藏汗除掉桑结嘉措，恢复汗权的举动，正合康熙之意，清廷又一次正式承认和硕特汗在西藏的统治地位。在清廷的支持下，拉藏汗宣布废除仓央嘉措的圣职，解送北京。
拉藏汗对仓央嘉措的草率处置，不仅引起了西藏上层贵族的反对，也引起了西藏各界、各阶层的普遍反感。拉藏汗把自己的对立面扩大到忠于达赖喇嘛的一切信徒。后来，仓央嘉措在解经青海的途中去世。仓央嘉措深受西藏人民爱戴。他们认为他违反教规是受到神的启示，来检验他们的忠诚。据说，仓央嘉措在临死前请求近侍中的朋友们告诉西藏人民，他们应该在他所写的诗文中寻找新的转世化身。
拉藏汗将仓央嘉措解京时，康熙令他寻找真达赖喇嘛。拉藏汗没有沿袭寻找灵童的传统方式，独断专横，在藏中立年已25岁的僧人益西嘉措为六世达赖，并请五世班禅罗桑益西为之剃度（关于益西嘉措的身世，一说他是拉藏汗的私生子，一说他为乞丐之子）。这种做法更加激怒了西藏人民，他们始终未认可益西嘉措，视为假达赖喇嘛。青海众台吉也不相信，而根据仓央嘉措的一首四行诗：“羽毛洁白的仙鹤，请把翅膀借给我，不到远处的地方，到理塘去去就回。”另立里塘的幼童格桑嘉措为六世达赖喇嘛。
清政府为缓和青、藏双方的争执，推迟了对新达赖喇嘛的册封，命格桑嘉措暂住西宁塔尔寺主持教务，并于康熙四十八年（公元1709年）派特使图岗藏主仆近千人前往迎接灵童。同时，派侍郎赫寿去西藏，协同拉藏汗办理事务。还封五世班禅罗桑益西为“班禅·额尔德尼”，赐金印、金册，令其协助拉藏汗管理西藏政教事务。“班禅·额尔德尼”的封号从此正式确定下来。尽管如此，西藏存在着一股反对拉藏汗的强大潜流，局势并未就此缓和。康熙四十四年至五十五年，拉藏汗一人统治西藏12年，已经衰老，能否有充足力量继续控制全藏成了问题。赫寿到藏一住一年多（于公元1711年初返回），此时他还秉命绘制了西藏地图。这一举措是日后清廷设置驻藏大臣长期驻藏的先声。
准噶尔与和硕特的战争
在拉藏汗的权力地位面临激烈挑战之时，蒙古准噶尔部首领策旺阿拉布坦也力图在西藏谋取权力，构成对和硕特蒙古汗王统治西藏的潜在威胁。策旺阿拉布坦一直在窥伺着西藏事务的演变——桑结嘉措被杀，部下逃往新疆并向策旺阿拉布坦求援。来自西藏的求援给了策旺阿拉布坦入侵的机会。
策旺阿拉布坦为僧格之子，在噶尔丹杀其弟索诺木阿拉布坦夺取汗位之际得以逃脱。噶尔丹败亡时，策旺阿拉布坦遂自立为准噶尔汗，开始以各种手段巩固和加强自己的权力，并极力寻找机会扩大权势。策旺阿拉布坦吸取了噶尔丹向蒙古扩张最后为清朝消灭的教训，把矛头指向西藏，力图利用拉藏汗在藏权力地位的动摇，把西藏控制在自己手里，掌握合法的为众蒙古一致推崇的达赖喇嘛，挟持达赖以号令蒙古诸部。
准噶尔策旺阿拉布坦与拉藏汗、青海众台吉属厄鲁特蒙古三个支系，之间的关系相当复杂。准噶尔部同他们双方都有婚姻关系。策旺阿拉布坦先是娶拉藏汗的姐姐为第三夫人，而后又主动提出亲上加亲，将养女博托洛克嫁给拉藏汗的儿子丹衷，并许以十万银两的嫁妆，以联姻迷惑拉藏汗。另一方面，却暗地里同三大寺的喇嘛取得联系，表示要推翻拉藏汗的统治和废掉其所立的“假达赖喇嘛”，迎请格桑嘉措到拉萨坐床，使三大寺喇嘛迅速倒向他一边，这导致了拉藏汗的一些大臣和侍从的连锁反应。
经过一系列准备后，策旺阿拉布坦遂于康熙五十五年（公元1716年）派他的表弟策零敦多布为首的5名僚属（阿喇木札巴吹木伯勒、托布齐、喀喇泌都噶尔、萨音查克）率领精兵6000人，号称万兵，以护送女儿、女婿归藏省亲的名义，秘密向西藏进发。同时，又派一支300人组成的小分队前往青海突袭塔尔寺，企图劫持格桑嘉措，以号召人心。
策零敦多布是闻名准噶尔的名将，曾在西藏寺院中获有学位。他多年征战哈萨克、布鲁特和布哈拉人，积累了丰富的作战经验。“最喜欢的座位就是马鞍。他的床就是盖马的围毯，盾牌、剑、箭及箭袋是他最松软的枕头。”策零进藏选择了一条极为艰难的行军路线。他们从新疆叶尔羌（今新疆莎车）“徒步绕戈壁，逾和阗南境昆仑山”，“涉险冒瘴，昼伏夜行”，新辟闻所未闻之路，于康熙五十六年（公元1717年）阴历七月七日突至藏北纳克产（今西藏奇林错东南、加林错东北）地区，抢掠当地一部人众，经藏北腾格里湖直趋拉萨。
策零采用了阴险毒辣的谋略使拉藏汗失去了警惕。1717年阴历六月，策零以拉藏汗儿子的名义给拉藏汗写了一封信，信中请他到汗王夏宫所在地——拉萨以北的达木与他见面。那时，拉藏汗正在西藏山南沃卡温泉沐浴疗养，见信思儿心切，带着少数卫兵前往达木，他没有意识到策零敦多布的军队已设下了层层埋伏。当拉藏汗接近埋伏圈时，他的小儿子偶然风闻了这一阴谋，骑马疾驰赶去告诉他的父亲。拉藏汗大吃一惊，迅速逮捕了他怀疑与这一事件有关的一些随员，并部署其卫队进行反击。拉藏汗在与策零敦多布的第一回合的战斗中取胜。拉藏汗用这一胜利赢得的时间巩固达木的防御工事，仓促集结前后藏、塔工等地的军队，在达木一带狙击进犯之敌。双方交战数阵，互有较大的损失。
此时策零仍等待那支奔袭青海塔尔寺的队伍前来会合，然而这支图谋劫持达赖喇嘛的突击队却被防范严密的清军歼灭。不能以护送达赖喇嘛为名进入拉萨，便不能得到格鲁派的支持，策零敦多布只得铤而走险，狡诈地宣传他们已经接到真正的达赖喇嘛，将送到拉萨，以此涣散拉藏汗的军心。由于蒙藏联军多系临时招募，且受准噶尔人的挑拨，蒙藏将领不和，两族士兵矛盾更深，叛变时有发生，战斗力大为削弱。勉强支持了两个多月后，猛将代本欧荣巴及绷唐巴二人被杀，颇罗鼐负伤，终未能阻挡住准噶尔军。拉藏汗不得已于1717年阴历十月八日驰还拉萨，一面向清朝奏报：“臣现在率兵守护招地（指拉萨），土伯特兵少……恳求皇上圣鉴，速发救兵。”一面命蒙藏军队坚守拉萨，等待清朝派兵救援。
策零敦多布于阴历十月二十八日夜围攻拉萨。虽然拉萨城高沟深，易守难攻，但是准噶尔军得到那些不满拉藏汗的僧俗人众配合。梯子从城墙上降落下来，供攻城士兵可以攀梯爬上城堡。秘密的同情者在预定的时间打开了城北及城东大门，拉萨城很快就被攻破。拉藏汗逃进布达拉宫，决定分路突围。拉藏汗带数名亲信，从布达拉宫城墙东面突围而去，下山后被准噶尔士兵发现。如果拉藏汗的马不是因受惊吓而把他掀下马的话，他可能成功地逃脱了。此时他孤立无援，与追赶者短兵相接，为大批准噶尔兵包围乱刃杀死。他所立的达赖益西嘉错也被废，囚禁于札克布里庙（药王山庙）。拉藏汗的妻子、幼子等被俘，连同金银财物、寺庙的贵重器物等，均被洗劫一空，运往伊犁。和硕特蒙古顾实汗及其子孙在西藏的七十多年统治到此结束。
准噶尔军占领拉萨后，抢劫三日，拉萨古城经历了一场空前的浩劫。据当时的目击者——意大利传教士德斯得利的记述：“策零敦多布一踏入王宫，就下令洗劫拉萨。那些加入他的部队的僧人，就是最为贪婪和残忍的强盗。他们拿着武器，闯进民房，连同伙的家也不放过，还冲进寺庙，进行洗劫，抢掠庙宇积存和藏匿的财物，他们还不满足，再三闯入民房，不管男女老少，把一些人予以污辱和毒打，把另一些人背绑着吊到梁上折磨，逼使他们讲出财富理藏的地方。这种洗劫连续两昼夜，直到每件有价值的东西都被取走为止”。
准噶尔军对前后藏不服从的寺院和地方还派兵烧杀抢劫，明令民众不得信奉宁玛派，并将宁玛派的曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院夷为平地，从寺院住持到活佛格杀勿论。
清军兵败喀喇河
清朝对于准噶尔侵扰西藏的情况，只收到拉藏汗在拉萨之战前写来的一道奏章，其后事态的发展，清朝都一无所知。直到拉藏汗次子苏尔扎之妻从准噶尔解送去伊犁途中逃脱，向青海柴达木当地清朝官员报告拉萨发生的事变，清朝才知道拉藏汗已经被杀，西藏陷入了一片灾难和混乱之中。
为了维护西藏地方的安宁，康熙帝决定立即派兵进藏，于1718年阴历二月十三日发布谕旨，命侍卫大臣色楞率部2400人征剿策零敦多布。
这是清朝建国以来第一次在西藏用兵。议政大臣向康熙提出：所派色楞等攻取西藏，“数少力弱”，应将驻守西宁的额伦特将军（原任湖广总督）所辖的绿营兵2000人调出同赴西藏；同时额伦特等部“备夺青海之众”，即令“随后助威”；还有噶顺、古木两处，原无兵驻扎，应令都统胡锡图率所部1000人到此驻扎。可是此时作为色楞后援的总督额伦特不愿把麾下兵士分出一部分交给色楞指挥。他提出两路进藏设想：据查勘，自西宁进藏有三条路，一为珠尔垦，一为库尔塞，一为拜图。除珠尔垦路狭难行，其余两路均可进兵。应令色楞自率所部及青海之兵，从一路前进；他自率绿营兵2000人，以及藏兵、青海兵共万人，亦从一路前进。如策零一路迎战我军，则我另一路可以从容进藏；策零若两路迎战，势必军力分散，我军攻灭不难。康熙对此方案未置可否。当时额伦特率领的军队多由青海当地兵组成，比八旗兵差些。康熙最初认为一支地方部队就足够了，没有必要把保卫天朝的精锐部队调来。在调兵同时，令四川总督年羹尧负责督运粮草军需，并派护军统领温普带兵进驻打箭炉。
康熙五十七年（1718年）阴历四月，额伦特、色楞等人率官兵出兵西宁。由于对西藏的地理、气候及有关情况缺乏必要的了解，进军前的准备也不充分。清军统帅们对进兵西藏种种艰险估计不足，对策零率领的准噶尔军队的战斗力没有足够重视，认为清军一支小部队就可以将其打败。侍卫大臣色楞平时与总督额伦特不和，部队分两路，各率一路。四川提督康泰也奉命与总督额伦特相约而行，率领所属1000人经打箭炉，奔察木多（今昌都）。
阴历五月十三日，色楞与侍读学士查礼浑率军2500人已达穆鲁乌苏（蒙古语，今通天河，为金沙江上游，导源于巴颜喀拉山）。额伦特写信给色楞，认为应遣人把准噶尔之兵诱来，徐图前进。色楞抢功心切，急于进兵，密奏朝廷说：“准噶尔残害西藏，彼处人民悬望我师，如望云霓，岂能刻缓！况闻准噶尔兵众散处无纪。伊等伎俩，不过暮夜袭营、偷盗马匹而已。臣所统兵丁二千有余，器械坚锐，马肥饷足……正当乘此机会，剿灭贼人，收复藏地。”康熙轻信了色楞的意见，认为准噶尔军队远路冲雪而来，士卒冻馁，驼马倒毙，除病死阵亡以外，其所剩几千人，不过是乌合之众而已，同意色楞继续进兵，并行文催促额伦特等尽快进兵策应。阴历七月十一日，色楞撇下追来的额伦特，率军自穆鲁乌苏启程，用了8天时间进入西藏境内。总督额伦特率领1200人迅速追赶，于阴历七月六日也渡过穆鲁乌苏河，至阴历七月二十四日，尚未追上色楞所部，无法会师。
当清朝军队分道入藏进剿的消息传来，策零敦多布在喀喇河一带集结了准噶尔和藏军组成的优势兵力。为了引诱清军深入，策零分军迎战。阴历七月十六日晨，额伦特部于齐诺郭尔安营处，首次与策零部接战，经一场激战，准噶尔兵佯败屡屡退却。色楞也发来奏报：阴历七月二十一日于喀喇乌斯地方同敌军发生战斗，将其击败。阴历七月二十八日，额伦特带400名士兵渡过喀喇河与色楞会师，准备渡河占领狼腊岭，然后进至达木地方。第二天，二将与准噶尔交锋，但军令不统一。阴历八月五日，额伦特后继部队赶到，策零在喀喇河岸留有伏兵，顿时四起，截住清兵。额伦特等料知已完全陷于准噶尔军早已设置好的包围圈，只能率兵猛扑。但这次的敌军都是精锐，与前时接战大不相同。额伦特不能前进，只得退后，不料后面联络官又到，报告准噶尔军绕出后路，将土司杨如松解送的粮饷截夺去了，杨如松冲围逃出。清军闻知军饷被劫，不战自乱，额伦特、色楞两人极力弹压，勉强镇定。翻山越岭、长途跋涉而疲惫不堪的数千名清军，想冲出策零数万人的重围是没有希望了。
额伦特命令全军在被包围的营盘周围垒起了石头墙，以抵挡准噶尔和藏军的进攻，等待大部队增援。策零围而不攻，不许粮秣进入。喀喇河地方天寒草薄，两军相持到阴历九月，四面楚歌的清军粮尽矢竭，额伦特“犹力战”，死于阵中，色楞被捕亦被害。德斯得利描绘了这场战争最后一幕的悲惨情景：当吃完所有的牲口后，可怜的清军饿得被迫吃饿死了的同伴的尸体。迫于这样极端困难的处境，清军派出一些西藏喇嘛，乞求准噶尔人允许他们平安地走出营地。准噶尔人同意了，但条件是必须放下武器。这些可怜的人们空手离开了营地并弱到无法逃生，他们全被没有信义的敌人杀害。
四川提督康泰经打箭炉进入藏地，但未能与额伦特会师，在拉西附近被黑帽喇嘛诱杀。所部死伤惨重，所剩500多人被准噶尔军队截获。清朝首次进军西藏，全军覆没。
第二次派兵
康熙命胤祯领军出征
这是康熙登基五十年来空前未有的大败，急报入京，立即引起举朝震惊。朝野惊骇之余，深感耻辱。对被俘遣送回的官兵，廷臣甚至主张“为官者即行查明正法，为兵丁者，各送回原籍”。对此康熙帝坚决反对，“此次进剿官兵，有功无罪耳”。同时全力做好善后抚恤事宜，令派往西宁的皇十四子胤祯亲自前往吊唁额伦特，为阵亡官兵大作道场，胤祯为奠酒，康熙帝以一种特殊的方式承担了失败的责任。当时，从朝中大臣到青海蒙古王公，都认为西藏距内地路途过于遥远，加以山川阻隔，不宜用兵。但是康熙帝明白如果任由西藏被准噶尔占据，西南、西北各省都不得安宁。他力排众议，于1719年命皇十四子胤祯为抚远大将军，驻节西宁，指挥进藏平叛的各路清军。
胤祯出师，康熙高度重视。出发前，他亲往堂子行祭告礼，出师这一天，登太和殿向胤祯授大将军敕印。胤祯乘马出天安门，诸王及二品以上文武官员都到德胜门军营送行。根据康熙的命令，依照王纛式样，用正黄旗纛，并指定宗室16人，随皇十四子前往效力。尔后，胤祯率师向青海进发。
达赖喇嘛的身份举足轻重。在出兵前夕的阴历二月，皇十四子胤祯由众大臣和3000名士兵簇拥着，浩浩荡荡来到塔尔寺。快到塔尔寺札仓时，皇十四子下马步行，喇嘛相迎于大经堂前门。皇十四子会见了达赖喇嘛的父亲，对康熙皇帝的计划进行了一番解释。是年，阴历三月二十日，皇十四子带来了康熙册封格桑嘉措为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”的金印（当时，未承认仓央嘉措为六世达赖）。达赖喇嘛及参加接见的青海各部首领都表示赞同康熙皇帝的计划，并请求让一支当地人组成的军队扩编到清军中去。
1719年阴历四月，胤祯派都统旺乌哩率军进驻青海索罗木地方。同时，派出使者瑚毕图等，以抚远大将军的名义携带书信入藏，面致准部策零敦多布。阴历九月下旬，使者返回西宁，将他们一行在前后藏侦察到的情况上报。据瑚毕图说，盘踞拉萨的策零敦多布不承认拉藏汗所拥立且受过清政府册封的达赖益西嘉措。对于西宁的灵童，因未接到其主人准部首领策旺阿拉布坦的指示，也不能表示态度，而西藏的广大僧俗人等一直向往崇信西宁的灵童。康熙帝得知后，更坚定了承认青海灵童、取藏必胜的信心。
但事情发展仍有曲折。1719年阴历十二月，奉旨从青海前线调回北京议事的4名将领即延信、楚宗、策旺诺尔布、常授，与议政大臣、九卿等共同商议进藏事宜，不知是否慑于上次北路入藏的失利，他们共同议奏：“惟行看守。”皇帝大不以为然，独排众议，断自一心，提出不但大军要进藏，以后还要留驻一两千名军士。大臣们当然不能违抗上意，结果几天后，大臣们遵旨复议，拟定出北南两路进军方案。
清政府这次出兵吸取了第一次出兵失败的教训，军事上作了充分准备和周密部署，其规模也相当庞大，总兵力不下2万人。大军进藏，则必须在后方粮秣马匹基地同前锋所至地点的交通线上设立台站，以保障供应畅通而不被敌人阻断；与青海蒙古各部的关系必须协调以取得支持。办理这些事情都需要时间，所以清廷决定当年暂不进兵。清廷从康熙五十八年九月下旬至五十九年正月下旬，用了整整四个月的工夫才把军队部署、进藏指挥确定下来。
康熙命清军兵分数路入藏。以平逆将军延信（肃亲王豪格的孙子）、固原提督马继伯、山东登州总兵李麟率领陕、甘官兵从西宁进兵。同时，由延信护送达赖喇嘛灵童入藏，是为北路。年羹尧坐镇四川，先派都统法喇，后改派征西将军噶尔弼等率领四川、云南、湖北、浙江等地官兵，由打箭炉进兵，是为南路。又派靖逆将军富宁安率3000人马进抵乌鲁木齐一线，另派兵4000人，令散秩大臣阿喇衲统领，攻取吐鲁番，其军事目的是防止准噶尔向西藏增兵。与此同时，拉藏汗旧部康济鼐和颇罗鼐占据阿里，进兵后藏，向拉萨进军，配合清军的军事行动。除上述各路兵力外，青海蒙古各汗王贝勒、云南丽江等处土司之兵也随征效力。
策零占据西藏期间，在拉萨成立了一个新政权，由4个藏族领袖人物组成向准噶尔人负责的代理执政班子。为首的是70多岁的第巴（摄政）达克咱，其次为札什则巴、隆布鼐二噶伦（政务大臣）以及噶伦兼代本阿尔布巴。当得知清军分路进藏，策零亲自率领一支军队迎战北路清军，另派遣3000余人抵挡南路清军。
北路清军于阴历四月二十二日自西宁缓缓进兵西藏。这一路是清军入藏的主力。七世达赖格桑嘉措随同延信的军队从青海启程去西藏，皇十四子胤祯还特地护送了一段。七世达赖喇嘛和清军每到一地，都有沿途的蒙古族、藏族人民前来迎送，奉献礼物，对达赖喇嘛表示敬意。阴历六月十三日，大军越过巴颜喀喇山，遇见大雪，冻死人畜甚多。加上途中有当地人抢掠马匹，牲畜损失较大，同时因一路高原反应（当地人称之为瘴疠），兵士病卒者也不少。这一行人到达噶玛塘（今青海贵德县境内）时，噶伦兼代本阿尔布巴从拉萨逃出到清军营投诚。大军获得关于西藏统治者内部第一手可信的情报。阿尔布巴还带来昌都地区硕般多、洛隆等宗4名使者携禀文归附。在大军抵穆鲁乌苏之前的20天内，阿尔布巴每天都回答清军统帅有关西藏及准噶尔形势的询问。他建议时已届夏末，喀喇河、达木地势高，天气渐寒，应速行军。
北路清军要同青海蒙古诸王公组成联军。胤祯到了穆鲁乌苏后，一直等待延信，而延信同青海蒙古诸部阴历七月九日才到大营会合。平逆将军延信召集蒙古诸部陆续到来用去不少时间。这一大批顾实汗的子孙，多年来已经习惯于各行其是、互不统属，畜群牧场的频繁纠纷使伯侄兄弟间的关系十分紧张，他们似乎把这类同族间的冲突看得比进军西藏更为重要。阴历七月十七日至二十四日，大军渡过穆鲁乌苏河，犹有青海左翼军未到。清军大队人马在金沙江上游休整，胤祯主持了一个告别宴会，然后他返回西宁。
噶尔弼率先开进拉萨
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